1、发放年终奖的当月工资高于5000元时，年终奖扣税方式为：年终奖*税率-速算扣除数，税率是按年终奖/12作为“应纳税所得额”对应的税率。
2、当月工资低于5000元时，年终奖个人所得税=(年终奖-(5000-月工资))*税率-速算扣除数，税率是按年终奖-(5000-月工资)除以12作为“应纳税所得额”对应的税率。
年终奖属于奖金范围。因此年终奖应纳入工资总额范围,性质上属于工资。
这里我们以两个示例进行计算演示：
(1)假设员工甲应发年终奖为13813元，他2月份的工资、薪金所得为5001元。由于已超出了5000元，那么该员工年终奖所交个人所得税计算方法为：
应纳税部分=13813元
应纳税部分÷12=13813÷12=1151，适用税率3%，速算扣除数为0
年终奖个人所得税=应纳税所得额×税率-速算扣除数=13813×0.03-0=414.39元
(2)假设员工乙应发年终奖也为13813元，他2月份的工资、薪金所得为3000元。由于未到5000元，那么该员工年终奖所交个人所得税计算方法为：
应纳税所得额=年终奖-(5000-当月工资)=13813-(5000-3000)=11813元
应纳税部分÷12=11813÷12=984，适用税率3%，速算扣除数为0
年终奖个人所得税=应纳税所得额×税率-速算扣除数=11813×0.03-0=354.39元
法律依据：
   《关于工资总额组成的规定》第四条中规定,工资总额中包含奖金,《关于工资总额组成的规定若干具体范围的解释》第二条明确规定,年终奖属于奖金范围。因此年终奖应纳入工资总额范围,性质上属于工资。
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