法律分析：为确保公司犯罪调查程序的合法性，应当遵守以下法律规定：
1.《刑事诉讼法》第九十二条：对被告人的供述和辩解应当依法查证，有关证据应当经过严格的法律程序取得。
2.《中华人民共和国刑法》第七十一条：对被告人的供述，应当审慎核实，不得违背事实和法律。
3.《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十六条：侦查机关在调查犯罪的过程中，应当严格遵守法律程序，确保证据的合法性。
4.《中华人民共和国刑事诉讼法》第六十五条：被告人在审判过程中有权依法提出抗辩，且不能违反法律程序。
法律依据：
1.《中华人民共和国刑事诉讼法》
2.《中华人民共和国刑法》
3.《中华人民共和国》
在公司犯罪调查程序中，应当遵守法律规定，确保证据的合法性，保障被告人的合法权益，从而确保公司犯罪调查程序的合法性。
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