工厂被查封不能起诉。
被查封人对查封财产的行为不服的，可以申请复议，但不能提起上诉的，复议期间是不停止查封措施的。
如果公司官司被执行，但是它的权利还能继续行使的话，那么原告可以在官司被执行后仍然对其起诉，以获得其法律权利的保护。但在起诉前，原告需要充分考虑起诉的可行性，并且确定自己的起诉理由，才能更好地获得其法律权利的保护。另外，原告也应当注意被告所提供的证据，确保起诉具有足够的证据支持，以便将案件顺利达成结果。
申请行政复议有以下程序：
1、申请人提出复议申请；
2、复议机关受理申请后，在七天内把复议申请书的副本或者是复印件发给被申请人；
3、被申请人在收到相关资料之后要之在十日内提出书面的答复；
4、复议机关进行审查和调查，并且提出和通过复议意见；
5、复议机关制作复议决定书。
综上所述，工厂被查封不能起诉，但可以申请复议，并且复议期间不停止查封措施。
【法律依据】：
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百零
当事人对保全或者先予执行的裁定不服的，可以申请复议一次。复议期间不停止裁定的执行。
第二百零六条
当事人拒不履行判决、裁定，被判决、裁定执行的权利还能继续行使的，原告可以在判决、裁定执行前仍然起诉，以获得其法律权利的保护。所以，公司官司被执行后，原告仍然可以起诉，以获得其法律权利的保护。
《中华人民共和国行政复议法》第十一条
申请人申请行政复议，可以书面申请，也可以口头申请；口头申请的，行政复议机关应当当场记录申请人的基本情况、行政复议请求、申请行政复议的主要事实、理由和时间。
