可以，根据相关法律规定，农村自建房可以申请土地所有权登记，地属于村农民集体所有的，由村集体经济组织代为申请，没有集体经济组织的，由村民委员会代为申请，土地属于乡(镇)农民集体所有的，由乡(镇)集体经济组织代为申请。
【本文关联的相关法律依据】
《不动产登记暂行条例实施细则》
第二十九条集体土地所有权登记，依照下列规定提出申请：(一)土地属于村农民集体所有的，由村集体经济组织代为申请，没有集体经济组织的，由村民委员会代为申请;(二)土地分别属于村内两个以上农民集体所有的，由村内各集体经济组织代为申请，没有集体经济组织的，由村民小组代为申请;(三)土地属于乡(镇)农民集体所有的，由乡(镇)集体经济组织代为申请。
第三十条申请集体土地所有权首次登记的，应当提交下列材料：(一)土地权属来源材料;(二)权籍调查表、宗地图以及宗地界址点坐标;(三)其他必要材料。
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