收入纳税明细跟实际收入不一样的原因如下：
1、工资薪金所得是指应发工资，即扣除个人社保、个税等费用前的工资；实发工资则是税后到手工资，基数不同；
2、员工出差差旅费如飞机票火车票等实报实销部分，不属于所得，无需申报个税；
3、企业发放的独生子女补贴、托儿补助费、误餐补助等，不属于工资薪金所得，不征收个税；
4、个人所得税申报时，还需扣除专项扣除、专项附加扣除等。因此，申报的工资薪金所得与实际税前工资存在不一致。
收入纳税的计算方式和影响因素：
1. 税前扣除项目：包括五险一金、专项附加扣除等，这些在计算应纳税所得额前扣除；
2. 税率适用差异：不同的收入级别适用不同的税率，可能导致实际税负与预期不同；
3. 累进税率计算：个人所得税采用累进税率，随着收入增加，适用的税率也会提高；
4. 免税收入：部分收入如补助、赔偿收入等可能被列为免税项目；
5. 预扣预缴差异：预扣预缴的税款与年度汇算清缴后的税款可能存在差异；
6. 税收优惠：特定行业或地区可能享有税收减免，影响纳税金额。
综上所述，收入纳税明细与实际收入存在差异的原因包括：工资薪金所得是税前应发工资，而实发工资为税后收入；差旅费用、独生子女等补贴不计入个税；以及在个税申报中需考虑专项扣除等因素，导致申报所得与实际税前工资不一致。
【法律依据】：
《中华人民共和国税收征收管理法》
第四条
法律、行规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。
法律、行规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。
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