一般情况下，补充协议不能涉及主合同约定的主要标的物，不能对主合同进行实质性修改。如果要对主合同进行实质性的修改，其前提是必须符合法律规定事由，例如在合同履行过程中正常的变更或建筑面积等的变化，就可以通过签订补充协议或签证来进行。
特殊情况下，建筑许可、建筑工程发包与承包、建筑工程监理需要在相关部门备案的合同,以及经过招投标的合同，其条款一般不能在补充协议中随便更改。但是，现实中由于合同双方在主合同签订后往往需要订立一些与原合同不一致(主要是工程价款方面)的补充协议，按照招投标法及最高人民的相关司法解释，这样的补充合同中的内容是具有相应效力的,也不能推翻原合同。
一、合同修改怎么处理
修改合同有两种方式：第一、解除原合同重新订立新的合同。第二、签署补充协议。在修改合同时需要以下几个方面的内容：第一、需要主合同双方当事人签署。第二、需要双方当事人之间就修改事项协商一致。第三、如果是重新签署合同，原合同内容不变，只是将需要修改的条款改正后，直接引用到新合同中就可以。第四、如果是签署补充协议，需要在补充协议中明确主合同的内容，或者将主合同作为附件的形式。第五、双方签字确认，并填写日期。
二、购房合同中的补充协议是否有效？
购房合同中的补充协议是有效的，但是前提必须是存在合法有效的购房合同，关于订立主合同及本补充协议的特别提示：
1、买卖双方经友好、自愿协商一致，订立如下条款，作为对本《商品房买卖合同》(以下简称本合同)的修改和补充，签订本合同及相关补充条款、附件前，买受人确认出卖人已就本合同及补充协议、附件中包含的免除或出卖人责任的条款作出了特别提示，买受人对相关内容已充分理解其含义并同意全部内容。
2、买受人确认：对于主合同的订立以及对于本合同项下房屋价格存有重大影响的因素，买卖双方均已在主合同及本协议中进行了约定，不存在遗漏情况。因此，买卖双方的权利、义务、责任及卖方有关本合同项下房屋的一切承诺均以合同及本补充协议为准，双方通过口头、书面、实物及其他形式(包括不限于口头讲解、广告、楼书、样板房、示范单位、沙盘、模型等)所表达或提供的信息都不作为确定双方权利、义务、责任及卖方有关本项目的一切承诺的依据。卖方的售楼书、售楼广告中的资料、数据以主管部门的批准文件为准，如发生变化不另行通知。
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