旷工3天扣9天工资不合法。旷工当天，用人单位可以不支付工资，除了给用人单位造成了经济损失外，不得额外扣工资的。因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
一、劳动关系的建立和解除
1、订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。
2、建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。用人单位与劳动者在用工前订立劳动合同的，劳动关系自用工之日起建立。
3、 用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。
二、劳动仲裁范围
1、因确认劳动关系发生的争议；
2、因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
3、因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
4、因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
5、因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
6、法律、法规规定的其他劳动争议。
法律依据：《工资支付暂行规定》 第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
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