合理，农村集体土地上办的企业应该缴纳城镇土地使用税。由土地使用税的定义，征税范围仅限于城市、县城、建制镇、工矿区的单位和个人，以实际占用的土地面积为计税依据，所以，乡镇工业园区属于土地使用税的征税范围，按照规定进行税款的缴纳。
土地使用税，是指在城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用土地的单位和个人，以实际占用的土地面积为计税依据，依照规定由土地所在地的税务机关征收的一种税赋。
目前土地使用税只在镇及镇以上城市开征，因此其全称为城镇土地使用税。开征土地使用税的目的是为了保护土地资源，使企业能够节约用地。
征收土地使用税的作用具体包括如下：
(1)能够促进土地资源的合理配置和节约使用，提高土地使用效益；
(2)能够调节不同地区因土地资源的差异而形成的级差收入；
(3)为企业和个人之间竞争创造公平的环境。
一、免征土地使用税的情形：
根据《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》第六条规定，下列土地免缴土地使用税：
1、国家机关、人民团体、自用的土地；
2、由国家财政部门拨付事业经费的单位自用的土地；
3、宗教寺庙、公园、名胜古迹自用的土地；
4、市政街道、广场、绿化地带等公共用地；
5、直接用于农、林、牧、渔业的生产用地；
6、经批准开山填海整治的土地和改造的废弃土地，从使用的月份起免缴土地使用税5年至10年；
7、由财政部另行规定免税的能源、交通、水利设施用地和其他用地。
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