一、司法机关如何认定自首
1、能够被认定为自首的情形
行为人在被前主动向纪检监察机关投案，并如实交代自己的罪行此时的行为人还未进入“”程序，其完全符合一般自首的构成要件。这种情况下，行为人是出于自己的主观悔罪心理投案自首，并非被迫接受调查，所以应当被认定为是自首。另外，如果行为人被之后主动如实交代了纪检监察机构还未掌握的“其他罪行”，也应当认定为自首。因为这种情况本质上也是一种“自动投案”，只是投案的场所和方式比较特殊而已。说明行为人主观上有主动、全面交代问题的想法。
2、不能够被认定为自首的情形
被之后交代纪检监察机关已经掌握的问题，不能被认定为自首。行为人被之后，往往不会主动开口交代自己的问题，而是要看看纪检监察人员究竟掌握了多少证据，对于有证据无法抵赖的事实予以交代，而对于尚未掌握证据的事实绝口不提;或者纪检监察人员已经将行为人违法犯罪的事实全部掌握。那么此种情况下，行为人交代问题可能更多地是出于无法继续隐瞒不得不说，而不是主观悔罪。更何况，纪检监察机关已经花费了大力气去调查取证，在节约司法资源方面，行为人的如实供述也没有很大的意义。
此外，如果这种情况认定行为人是自首的话有违公平原则。因为未经“”而直接进入司法程序的行为人在被动归案后，即使如实供述了司法机关已经掌握的犯罪事实，也只能被认定为“坦白”而不能认定是“自首”。被“”反而成了减轻处罚的一种手段，这明显是不合理的。
二、自首成立的条件及其立法本意
1、自首成立的条件
根据《刑法》第67条规定，自首是指犯罪人在犯罪以后自动投案，如实供述自己罪行的行为;或者被采取强制措施的犯罪嫌疑人、被告人和正在服刑的罪犯，如实供述司法机关还未掌握的本人的其他罪行的行为。自首可以分为一般自首与特殊自首。一般自首的成立要具备下面条件：
（1）犯罪后自动投案。此条件的重点应当在于“自动”，也就是说“被动”归案的不能认定为自首。
（2）如实供述自己的罪行。此条件的重点就是“如实”。隐瞒或者编造供述的，不能认定为自首。
特殊自首的成立也应当具备两个要件：
（1）主体必须是被采取强制措施的犯罪嫌疑人、被告人和正在服刑的罪犯。
（2）必须如实交代司法机关还未掌握的本人的其他罪行。
而“其他罪行”，又称“余罪”，是指犯罪嫌疑人、被告人和正在服刑的罪犯被指控、处理的罪行以为的罪行，并且必须是还未被司法机关发觉。
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