解决物流运输合同纠纷一般有四种途径，即当事人协商解决、调解、仲裁和诉讼。
1、协商
运输合同纠纷出现后，大多数情况下，合同当事人双方会考虑到多年良好的合作关系和商业因素，互相退一步，争取友好协商调解，在此基础上达成和解协议，解决纠纷。这是最佳的方式。
2、调解
但也会有一部分纠纷经过双方较长时间协商还是无法解决的，可以要求有关机构调解，如果一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
3、仲裁
合同当事人协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。仲裁是一种重要的纠纷解决手段。
4、诉讼
如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，则通过进行诉讼是解决纠纷最终的途径。运输合同纠纷可以按照我国的诉讼程序，由一方或双方向有管辖权的起诉，然后由根据适用法律和事实进行审理，最后作出判决。
一、运输合同纠纷管辖权界定方式
首先看是否有合法有效的约定管辖的协议，如果有的话，则协议约定的有管辖权；如果没有约定，则根据法定管辖来确定管辖，即被告住所地肯定有管辖权。如果合同已经履行的，则合同履行地有管辖权，如果合同未履行，双方约定的合同履行地在合同任何一方住所地的，此约定的合同履行地有管辖权，否则合同履行地无管辖权。
如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民管辖。
因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地管辖。
根据我国《民事诉讼法》第34条的规定，非涉外诉讼中的协议管辖只适用合同纠纷的第一审案件；协议管辖是要式行为，必须采用书面形式；协议管辖当事人可选择的有原告住所地、被告住所地、合同签订地、合同履行地、标的物所在地的；当事人须在协议中对管辖作出明确的约定，不明确则管辖无法依协议而确定；当事人选择时，不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
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