运输合同纠纷的处理原则：单一运输工具按不同工具确定管辖；联合运输根据情况，如与海事有关则由海事管辖，与铁路运输有关则由铁路运输管辖；水运和铁路运输并存时，当事人可选择管辖。根据《民事诉讼法》第二十七条，铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷由始发地、目的地或被告住所地管辖。
法律分析
在遇到运输合同纠纷时，处理的基本原则是：
1、如果是采用单一运输工具，则按运输工具不同来确定管辖。
2、如果是采取联合运输，根据具体情况，如与海事有关的，由海事管辖，与铁路运输有关，则由铁路运输管辖。
3、在联合运输中，如果同时存在水运和铁路运输的，可以由当事人选择管辖。
根据《民事诉讼法》第二十七条的规定，因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民管辖。
拓展延伸
运输合同纠纷的管辖原则及相关争议解决方式
运输合同纠纷的管辖原则主要包括地域管辖原则、选择管辖原则和专属管辖原则。地域管辖原则指的是按照纠纷发生地的管辖，即纠纷发生地具有管辖权。选择管辖原则则是指当事人可以通过协议选择特定的进行纠纷解决。专属管辖原则适用于特定类型的运输合同，例如国际货物运输合同可以根据《国际货物运输合同公约》的规定选择特定的进行管辖。争议解决方式包括诉讼和仲裁两种主要方式。诉讼是通过向提起诉讼，由进行裁决；仲裁则是通过协议，将纠纷提交给仲裁机构进行裁决。选择适当的管辖原则和争议解决方式，有助于高效解决运输合同纠纷，维护当事人的权益。
结语
在处理运输合同纠纷时，我们需要遵循基本原则。根据运输工具的不同，确定相应的管辖；对于联合运输，根据具体情况选择适当的；同时，当事人也可以选择管辖权。根据《民事诉讼法》规定，铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷应由运输始发地、目的地或被告住所地人民管辖。此外，运输合同纠纷的管辖原则还包括地域管辖、选择管辖和专属管辖原则。选择适当的管辖原则和争议解决方式，有助于高效解决运输合同纠纷，维护当事人的权益。
法律依据
《民事诉讼法》第二十七条
因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民管辖。
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