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基因组DNA提取
2025-09-26 18:01:12 责编:小OO
文档
细菌基因组DNA提取

快速微量提取法

1.取1.5ml菌体培养物于一灭菌Eppendorf管中,13000rpm离心1min, 弃上清液,收集菌体。 

2.加入400ul裂解液(40mMTris-醋酸,20mM醋酸钠, 1mMEDTA, 1%SDS,pH7.8)混匀,置于37℃水浴1h。 

3.然后加入200ul 5mol/L的氯化钠溶液,混匀后于13000rpm离心15min。 

4.取上清液,用苯酚抽提2次,氯仿抽提1次。 

5.加两倍体积无水乙醇,1/10体积醋酸钾 (3M ,pH8.0),-20度保存1小时后,13000rpm离心15min,弃上清液,沉淀用70%乙醇洗2次;置于室温干燥后,溶于50ul TE溶液中,置4℃保存备用。 

蛋白酶/SDS法制备

1.取10ml菌体(如:Delftia sp)过夜培养物于一灭菌Eppendorf管中,4000rpm离心10min收集菌体。 

2.用Washing TE(50mmol/L Tris-HCl pH8.0, 10mmol/L EDTA pH8.0)洗菌体2次。 

3.将菌体充分悬浮在5ml 1×TE缓冲液中,先后加入0.5ml 5mg/L的蛋白酶、0.5ml 10% SDS,轻轻混匀后50℃放置3h~5h。 

4.接着用等体积的Tris饱和苯酚抽提2次,苯酚/氯仿/异戊醇抽提一次。 

5.氯仿抽提一次后,乙醇沉淀DNA,用吸管头将絮状DNA沉淀块吸附到Ep管中,70%乙醇洗2次,干燥后溶于适当1×TE或ddH2O中。 

酚氯仿

1.细菌收集:取1ml培养物于1.5ml EP管中,室温8000rpm离心5min,弃上清,沉淀重新悬浮于1ml TE(pH8.0)中(用ddH2O也行)。 

2.菌体裂解:加入6μl 50mg/ml的溶菌酶,37℃作用2h。再加2mol/L NaCl50μl,10% SDS 110μl,20mg/ml的蛋白酶K 3μl,50℃作用3h或37℃过夜。(此时菌液应为透明粘稠液体) 

3.抽提:菌液均分到两个1.5ml EP管,加等体积的酚∶氯仿∶异戊醇(25∶24∶1),混匀,室温放置5-10min。12000rpm离心10min。抽提两次。(上清很粘稠,吸取时应小心,最好头尖应剪去) 

4.沉淀:加0.6倍体积的异丙醇,混匀,室温放置10min。1 2000rpm离心10min。 

5.洗涤:沉淀用75%的乙醇洗涤。 

6.抽(凉)干后,溶于50μl ddH2O中 

通用方法

1.过夜培养细菌。 

2.离心后收集菌体,并悬浮在 5 ml 50 mM Tris (pH 8.0), 50 mM EDTA.中。 

3.重悬菌体放入-20℃保存。 

4.在冰冻的悬浮物重加入0.5 ml 250 mM Tris (pH 8.0), 10 mg/ml溶菌酶,室温解冻菌体,解冻后置冰上45分钟。 

5.加入1 ml 0.5% SDS, 50 mM Tris (pH 7.5), 0.4 M EDTA, 1 mg/ml蛋白酶K,50℃水浴60分钟。 

6.用6ml Tris-苯酚(1:1)抽提,然后 10000g离心15分钟,将上清转移到新的Ep管中,必要时再重复此步骤。 

7.加入1/10体积3M醋酸钠,轻柔混匀。再加入2倍体积95%乙醇,颠倒混匀。 

8.将絮状DNA转移到5 ml 50 mM Tris (pH 7.5), 1 mM EDTA, 200 g/ml RNase.溶液中,4℃摇动溶解过夜。 

9.加入等体积氯仿抽提,颠倒混匀,10000g离心5分钟,将上清转移到新的Ep管中。 

10.加入1/10体积3M醋酸钠,轻柔混匀。再加入2倍体积95%乙醇,颠倒混匀。 

11.将絮状DNA转移到5 ml 50 mM Tris (pH 7.5), 1 mM EDTA。 

12.Check purity of DNA by electrophoresis and spectrophotometric analysis. 

13.电泳和分光光度计检测基因组DNA纯度。 

方法五

1.100ml 细菌过夜培养液, 5000rpm离心10分钟, 去上清液。 

2.加9.5ml TE悬浮沉淀, 并加0.5ml 10% SDS(裂解细胞), 50μl 20mg/ml(或1mg干粉)蛋白酶 K(降解蛋白), 混匀, 37℃保温1小时。 

3.加1.5ml 5mol/L NaCl, 混匀。 

4.加1.5ml CTAB(去除多糖成分)/NaCl溶液, 混匀, 65℃保温20分钟。 

5.用等体积酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)抽提, 5000rpm离心10分钟, 将上清液移至干净离心管。 

6.用等体积氯仿:异戊醇(24:1)抽提, 取上清液移至干净管中。 

7.加1倍体积异丙醇, 颠倒混合, 室温下静止10分钟,沉淀DNA。 

8.用玻棒捞出DNA沉淀, 70%乙醇漂洗后, 吸干,溶解于1ml TE, -20℃保存。如DNA沉淀无法捞出,可5000rpm离心, 使DNA沉淀。 

9.如要除去其中的RNA, 可以按本章第三节中操作步骤处理。 

注: 

1.CTAB/NaCl溶液:4.1g NaCl溶解于80ml H2O,缓慢加入10g CTAB,加水至100ml。 

2.氯仿:异戊醇(24:1),酚:氯仿:异戊醇(25:24:1),异丙醇,70% 乙醇,TE,10% SDS,蛋白酶 K (20mg/ml或粉剂),5mol/L NaCl。 

血液基因组DNA提取

方法1

1.取0.5ml抗凝全血放人一支1.5ml离心管中,加入二倍体积的红细胞裂解液(0.155mol/L NH4Cl,0.01mol/L NaHCO3,0.127mol/L EDTA),混匀。 

2.室温下静置20min,以溶解红细胞,10000r/min 离心10min,使血细胞沉淀下来,弃上清。 

3.重复上述操作2-3次,以彻底除去血红蛋白。直至在离心管底出现白色的白细胞沉淀。 

4.加入DNA抽提液(10mmol/L Tris.Cl(pH8.0),0.1mmol EDTA(pH8.0),1.0 % SDS)0.5ml,悬起沉淀的白细胞。 

5.37℃水浴保温1h后,高速振荡10-15s,再沸水浴10min后,10000r/min 离心 10min,使细胞碎片及变性蛋白质沉淀, 

6.在上清液中加入2倍体积的95%的冰冻乙醇,静置沉淀20min,12000r/min 离心15min,弃上清,自然晾干,加入30ulTE备用。 

改良CTAB法

1.在装有血液的2 ml离心管中加入500 ul预热的4xCTAB提取液和2ul β一巯基乙醇,使材料完全分散在提取液中,65℃温浴约1.5 h. 

2.待冷却至室温后加入等体积的氯仿—异戊醇(24:1),上下颠倒离心管,温和混匀5 min。 

3.然后离心5 min (1 000 rad/min).将上清液转管,反复抽提3次.最后一次离心10 min. 

4.吸取上清液,加入70 体积的异丙醇,沉降DNA,轻轻颠倒2-3次,可见白色絮状沉淀,室温下静置30 min以上。 

5.然后10 000 rad/min离心7 min,弃上清.用200 uL 70%的乙醇和无水乙醇各洗2次,每次离心2 min后,弃上清。 

6.然后将离心管放在37℃ 烘箱中(或室温下)使乙醇挥发.待总DNA 干燥后加50ul TE溶液和1.5ul RNase于37℃水浴中温浴2 h,然后于-20℃(或4℃)冰箱中保存备用. 

饱和氯化钠抽提法

1.取0.5ml抗凝全血,加入0.8ml TE(pH 8.0)混匀; 

2.室温离心,10000rpm ,1分钟; 

3.弃上清,加入0.4ml TE(pH 8.0),混匀,悬浮细胞; 

4.加入10mg/ml蛋白酶K 5μl(终浓度100μg/ml),10% SDS 25μl(终浓度0.5%),混匀; 

5.37℃水浴消化过夜,或50℃消化4小时; 

6.加入1/3体积的饱和氯化钠,充分混匀,4℃静置10分钟; 

7.10000rpm离心10分钟,取上清于另一新管中; 

8.加入等体积氯仿,混匀,10000rpm离心10分钟; 

9.取上清于另一新管中,加入1/20体积的3M NaAc(pH 5.2)混匀; 

10.加入2倍体积无水乙醇轻轻混合,10000rpm离心1分钟; 

11.弃上清,加入70%乙醇0.5ml,充分洗涤; 

12.10000rpm离心1分钟,弃上清,自然干燥DNA约5分钟; 

13.加入200-250μl TE,-20℃保存; 

14.检测浓度及纯度。 

酚氯仿抽提法

1.外周血反复冻溶破坏红细胞,取0.5ml外周血,加入0.5ml PBS混匀后,10000rpm 离心10分钟; 

2.弃上清,加入180μl TE(pH 8.0),20μl 10% SDS, 10mg/ml蛋白酶K 5μl(终浓度100μg/ml)混匀; 

3.37℃水浴消化过夜,或50℃消化4小时; 

4.加入等体积的饱和酚并充分混匀,10000rpm离心10分钟; 

5.吸取上清液于另一新管中,重复上一步骤一次; 

6.吸取上清液于另一新管中,加入等体积的酚氯仿并充分混匀,10000rpm离心10分钟; 

7.吸取上清液于另一新管中,加入1/20体积的3M NaAc(pH 5.2) 混匀后,加入2倍体积无水乙醇并轻轻混合,可见絮状乳白色DNA团块,10000rpm离心10分钟; 

8.弃上清,加入70%乙醇0.5ml,充分洗涤; 

9.10000rpm离心1分钟,弃上清,自然凉干后加入TE液,-20℃保存; 

10.检测浓度及纯度 

动物组织基因组DNA提取

材料

1.生理盐水 

2.十二烷基硫酸钠(SDS) 

3.三羟甲基氨基甲烷(Tris) 

4.乙二胺四乙酸(EDTA) 

5.饱和酚 

6.氯仿 

7.异戊醇 

8.无水乙醇 

9.75%乙醇 

10.蛋白酶K 

11.RNase酶 

12.手术剪刀、镊子、吸水纸 

13.微量取液器 

14.研钵、1.5mL 离心管、一次性手套、1.5mL离心管架、记号笔 

试剂配制

Tris–HCL 1mol/L PH8.0 50ml 

配制方法: 40ml双蒸水,6.057g固体Tris放入烧杯中溶解,用浓盐酸调PH值到8.0,转移到50ml容量瓶中,加入双蒸水定容,摇匀后,转到准备好的输液瓶中,贴上标签,高压灭菌后,降至室温,4℃保存备用。 

生理盐水: 0.85%NaCL 100ml 

配制方法:在20ml双蒸水中溶解0.85g固体NaCL,加水定容至100ml,摇匀后,转到准备好的输液瓶中,贴上标签,高压灭菌后,降至室温,4℃保存备用。 

EDTA 0.5mol/L PH8.0 50ml 

配制方法:将9.08g的EDTA•Na2•2H2O溶解于40ml双蒸水,用1g的NaOH颗粒(慢慢逐步加入)调PH值到8.0,用50ml容量瓶定容,如果EDTA难溶,先加NaOH溶解,然后逐步加EDTA•Na2•2H2O。 

TES缓冲液(释放DNA) 100ml 

配制方法:将0.5844g的5 mol/lNaCl溶解于80ml双蒸水,在分别加入1ml的0.5 mol/l EDTA、0.2ml的Tris-HCl (pH=8.0),加定容至100ml, 摇匀后,转到准备好的输液瓶中,贴上标签,高压灭菌后,降至室温,4℃保存备用。 

10% SDS(变性剂 破细胞壁)100ml 

配制方法:将10g的十二烷基硫酸钠(SDS)溶解于80ml双蒸水于68℃加热溶解,用浓HCl调至PH=7.2,定容至100ml,摇匀后,转到准备好的输液瓶中,贴上标签,4℃保存备用。 

蛋白酶K(降解蛋白质):20mg/mL 无菌三蒸水溶解。 

RNA酶 (降解RNA) 

配制方法:将胰RNA酶(RNA酶A)溶于10mmol/L的Tris•CL(PH7.5)、15mmol/LNaCL中,配成10mg/ml的浓度,于100℃加热15min,缓慢冷却至室温,分装成小份存于–20℃。 

氯仿:异戊醇=24:1 100ml 

按24:1的比例加入氯仿、异戊醇,摇匀,转到准备好的瓶中,贴上标签,4℃保存备用。 

TE缓冲液(溶解DNA) PH8.0 50ml 

配制方法:将0.5ml 的10mmol Tris-HCl(PH8.0) 、0.1ml的0.5mol/l EDTA(PH8.0) 加入到50ml的容量瓶中,调PH8.0定容至50ml摇匀后,转到准备好的瓶中,贴上标签,高压灭菌后,降至室温,4℃保存备用。 

实验操作方法

1.

1.组织块解冻,用生理盐水洗去血污,剪取约0.5g组织,放入1.5ml离心管中,剪碎。 

2.加入0.45ml TES混匀,再加入50ul SDS(10%),5.0ul蛋白酶K(20mg/ml),充分混匀后,于56°C保温4-6h,每2h摇1次。 

3.放置到室温,加入等体积饱和酚(500ul),颠倒混匀,10000r/m,离心10m,分离水相和有机相,小心吸取上层含核酸的水相,到一个新的1.5ml离心管。 

4.加入等体积酚:氯仿:异戊醇(25:24:1),颠倒混匀,10000r/m,离心10分钟,取上层转移到新的1.5ml离心管中。 

5.加入等体积氯仿:异戊醇(24:1),颠倒混匀,10000r/m,离心10分钟,取上层清液到一个新的1.5ml离心管。 

6.加入2.5倍体积的-20°C预冷的无水乙醇沉淀DNA,观察现象。 

7.12000 r/m,离心10分钟,弃乙醇。 

8.-20°C保存的75%乙醇洗涤,10000 r/m,离心5分钟,去乙醇,55°C干燥DNA。 

9.加入适量TE溶解DNA(具体依DNA的多少而定),-20°C保存备用。 

1.

1.取新鲜或冰冻动物组织块0.1g(0.5cm3),尽量剪碎。置于玻璃匀浆器中,加入1ml的细胞裂解缓冲液匀浆至不见组织块,转入1.5ml 离心管中,加入蛋白酶K (500ug/ml)20μl,混匀。在65℃恒温水浴锅中水浴30min,也可转入37℃水浴12~24h,间歇振荡离心管数次。于台式离心机以12000 rpm离心5min,取上清液入另一离心管中。 

2.加2倍体积异丙醇,倒转混匀后,可以看见丝状物,用100ul 吸头挑出,凉干,用200ul TE 重新溶解。(可进行PCR反应等,需要进一步纯化的按下列步骤进行) 

3.加等量的酚-氯仿-异戊醇振荡混匀,离心12000 rpm,5min。 

4.取上层溶液至另一管,加入等体积的氯仿?异戊醇,振荡混匀,离心12000 rpm,5min。 

5.取上层溶液至另一管,加入1/2体积的7.5mol/L乙酸氨加入2倍体积的无水乙醇,混匀后室温沉淀2min ,离心12000 rpm ,10min。 

6.小心倒掉上清液,将离心管倒置于吸水纸上,将附于管壁的残余液滴除掉。 

7.用1ml 70%乙醇洗涤沉淀物1次,离心12000 rpm , 5min。 

8.小心倒掉上清液,将离心管倒置于吸水纸上,将附于管壁的残余液滴除掉,室温干燥。 

9.加200ul TE重新溶解沉淀物,然后置于4℃或?C20℃保存备用。 

植物组织基因组DNA提取

1.2%CTAB抽提缓冲液在65℃水浴中预热; 

2.取少量植物组织置于试管中,用小杵磨至粉状; 

3.加入700ul的2%CTAB抽提缓冲液,轻轻搅动摇匀; 

4.置于65℃的水浴槽或恒温箱中,每隔10 min轻轻摇动,40 min后取出; 

5.冷却2 min后,加入氯仿-异戊醇(24:1) 至满管,振荡2~3 min,使两者混合均匀; 

6.10000 rpm离心10 min,与此同时,将600 μl的异丙醇加入另一新的灭菌离心管中; 

7.10000 rpm离心1 min后,移液器轻轻地吸取上清夜,转入含有异丙醇的离心管内,将离心管慢慢上下摇动30s,使异丙醇与水层充分混合至能见到DNA絮状物; 

8.10000 rpm离心1 min后,立即倒掉液体,注意勿将白色DNA沉淀倒出 

9.加入800 μl 75%的乙醇,将DNA洗涤 30 min; 

10.10000 rpm离心30s后,立即倒掉液体,干燥DNA(自然风干或用风筒吹干); 

11.加入50 μl 0.5 × TE缓冲液,使DNA溶解; 

12.置于-20℃保存、备用。

较为常用的细菌DNA提取方法:

实验步骤:

1、将菌株接种于液体LB培养基,37℃震荡培养过夜。

2、取1.5ml培养物12000rpm离心2min。

3、沉淀中加入567ul的TE缓冲液,反复吹打使之重新悬浮,加入30ul10%SDS和15ul的蛋白酶K,混匀,于37℃温育1h.

4、加入100ul5mol/LNaCl,充分混匀,再加入80ulCTAB/NaCl溶液,混匀后再65℃温育10min。

5、加入等体积的酚/氯仿/异戊醇混匀,离心4-5min,将上清转入一只新管中,加入0.6-0.8倍体积的异丙醇,轻轻混合直到DNA沉淀下来,沉淀可稍加离心。

6、沉淀用1ml的70%乙醇洗涤后,离心弃乙醇.

细菌基因组DNA提取

取出10ml培养好的细菌培养液,5000rpm,10min,用TE洗涤后,再离心,菌体重悬于4mlTE溶液。

1.加入50mg/ml溶菌酶溶液8μl(终浓度为100μg/ml),37℃保温20min。

2.加入RNase(10mg/ml)10μl,至终浓度为25μg/ml,然后加入10%SDS溶液0.5ml,37℃保温30min。

3.加入蛋白酶K(20mg/ml)10μl,至终浓度为50μg/ml),然后加入,37℃保温60~90min。

4.加入等体积的苯酚:氯仿:异戊醇(25:24:1),混匀,8000rpm×5min,取上清液转入另一离心管中。如此2~3次,即可。

5.将上清液中加入1/5体积的醋酸钠,2倍体积的冷的无水乙醇,旋转离心管,会出现沉淀物DNA。

6.70%乙醇洗涤一次,室温下干燥,但勿使DNA完全干燥,以便使其易溶。

7.加入0.5mlTE或双蒸水溶解DNA,测定值OD260和OD280,确定DNA含量和纯度。

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