1. 生理生化变化
新鲜果蔬切割后，其组织结构受到严重破坏，触发呼吸、酚类、乙烯等代谢途径的显著变化。这些变化可能包括褐变、呼吸增强、乙烯产生、异味产生和重量减轻等。切割破坏了组织内的酶与底物的区域化结构，导致酶与底物直接接触，引发多种生理生化反应。例如，多酚氧化酶催化酚类物质氧化，脂肪氧化酶催化膜脂反应，纤维素酶催化细胞壁分解，导致组织褐变、细胞膜破坏、细胞壁分解和果实软化。此外，组织受损促进了呼吸作用的增强，刺激了内源乙烯的产生，消耗营养素并加速次生代谢物的合成，从而降低了鲜切果蔬的食用价值。
2. 微生物污染
鲜切果蔬在去皮和切分过程中，其组织结构受损，失去了真皮层的保护，导致汁液外溢和营养物质的暴露，为微生物的生长提供了有利条件。细菌和真菌是导致鲜切水果腐烂变质的主要微生物。由于鲜切果蔬具有高水分活度和适宜的pH值，且切割破坏了组织保护层，因此极易受到微生物污染。微生物的生长不仅消耗营养物质，降低品质，而且可能影响食用安全性。随着时间的推移，微生物种类和数量的变化可能使致病菌占据主导地位。
3. 营养素损失
在鲜切果蔬的加工和贮藏过程中，营养成分可能会有所损失。例如，切割可能导致维生素的氧化损失，而在浸泡过程中，水溶性营养成分如可溶性固形物可能会随水流失。温度、光照、氧气、组织代谢和包装材料等都会影响鲜切果蔬的营养成分损失。
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