1975年11月，六合县划归南京市管辖。1980年4月26日，南京市设立大厂区。2000年3月，六合县的部分城镇合并成立雄州镇，成为六合县委、县所在地，镇域面积112.3平方千米，辖25个行政村和10个社区居民委员会，人口13.8万。
2002年4月，六合县与大厂区合并成立新的六合区，六合区辖5个街道和14个镇，土地面积1500平方千米。2007年，雄州镇被撤销，新设雄州事处，面积70.3平方千米，人口11.5万。同年，新集镇被撤销，设立龙池事处和葛塘事处。
2010年1月，八百桥镇、程桥镇、横梁镇被撤销，设立金牛湖街道、程桥街道、横梁街道。2012年8月，六合区街镇行政区划进一步调整，雄州街道、瓜埠镇合并为雄州街道，卸甲甸街道与西厂门街道合并为大厂街道，横梁街道与新篁镇合并为横梁街道，长芦街道与玉带镇合并为长芦街道，龙袍镇与东沟镇合并为龙袍街道，马集镇与马鞍镇合并为马鞍街道。调整后，六合区辖雄州、金牛湖、横梁、程桥、龙池、龙袍、马鞍、大厂、长芦、葛塘10个事处和竹镇、冶山两个镇。
2014年，六合区冶山镇被撤销，设立冶山事处。这些行政区划调整反映了南京市六合区在不断发展中的变化。
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