往来港澳通行证的有效期分为两种：5年和10年。5年通行证适用于未满16周岁的申请人，10年通行证则适用于16周岁及以上的申请人。
对于往来港澳签注的类型，主要有探亲签注、商务签注、团队旅游签注、个人旅游签注以及逗留签注。探望兄弟姐妹、（外）祖父母、（外）孙子女等亲属，可签发3个月一次签注，逗留不超过14天。探望配偶、父母或配偶的父母等，可签发3个月多次签注，逗留不超过90天，60周岁及以上人员可签发1年多次签注。赴港澳探望配偶且有未成年子女的，可以签发1年多次签注。特殊家庭困难的，经省级机关出入境管理部门核准，可签发1年多次签注。商务签注分为已备案企业和未备案企业，已备案企业可签发3个月一次签注、3个月多次签注、1年多次签注，每次逗留不超过7天。未备案企业、个体工商户经营者及驾驶往返广东与港澳专门交通工具人员，签发3个月一次签注或1年多次签注，每次逗留不超过7天。
团队旅游签注分为赴和澳门，签注可以签发3个月一次、3个月二次、1年一次、1年二次签注，每次逗留不超过7天。澳门签注可以签发3个月一次、1年一次签注，每次逗留不超过7天。个人旅游签注同样分为赴和澳门，签注可以签发3个月一次、3个月二次、1年一次、1年二次签注，每次逗留不超过7天。澳门签注可以签发3个月一次、1年一次签注，每次逗留不超过7天。
逗留签注适用于赴或澳门随任、就学、就业、居留、培训或作为受养人赴依亲的人员。赴签注有效期根据入境事务处签发的进入许可最长有效期签发，持证人需按进入许可规定入出。赴澳门签注有效期根据驻澳门特别行政区联络办公室、澳门高等教育辅助办公室、治安局出入境事务厅或劳工事务局、社会文化司批准的期限签发。
其他签注可根据具体情况签发3个月一次、3个月二次签注，特殊情况可签发3个月多次签注，每次逗留不超过14天。
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