两者主体、层级、程序不同。1、通令嘉奖是较高级别的行政奖励主体在较大范围内公开对受奖人进行肯定和赞扬，并明确对受奖人以通令嘉奖的形式予以奖励。个人嘉奖是较低级别的行政奖励主体对受奖人进行表彰和奖励，一般不以通令的形式公布。
2、通令嘉奖的层级更高，较之个人嘉奖荣誉更为强烈，虽然都贵为嘉奖，但两者之间还是存有一高一低之分。通令嘉奖的受奖人一般是在重大任务、重大事件、重大活动中做出突出贡献的集体或个人，个人嘉奖的受奖人一般是在日常工作中表现优秀的个人。
3、通令嘉奖的程序更为严格，需要经过多级审核、审批、公示和公布，个人嘉奖的程序相对简单，一般由所在单位民主推荐、集体研究提出申报意见，由奖励批准机关直接批准奖励。
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