南京施工合同备案是不存在案由的。施工合同备案由建设单位负责办理。
施工合同即建筑安装工程承包合同，是发包人和承包人为完成商定的建筑安装工程，明确相互权利、义务关系的合同。
《中华人民共和国建筑法》第三十一条实行监理的建筑工程，由建设单位委托具有相应资质条
件的工程监理单位监理。建设单位与其委托的工程监理单位应当订立书面委托监理合同。
《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》(建设部第号令)第四十七条规定：“订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方建设行政主管部门备案。”
建设工程施工合同是招标文件的重要组成部分，明确了建设工程发包人和承包人之间的权利义务，是保护建设工程发包人和承包益的依据。建设工程施工合同一经生效之后，即具有法律效力，工程发包人和承包人双方就产生了法律上的关系。《最高人民关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”建设工程施工合同备案对规范填写施工合同内容，规避“阴阳”等有着重要的意义。
一、工程合同的法律特征有哪些
1、签订建设工程施工合同，必须以建设计划和具体建设设计文件已获得国家有关部门批准为前提。
2、承包人主体资格受到严格建设工程施工合同的承包人，除了在经工商行政管理部门核准的经营范围内从事经营活动外，应当遵守企业资质等级管理的规定，不得越级承揽任务。
3、签订及履行施工合同受到国家的严格监督管理。
国家对建设工程项目的发包实行招标投标制度。招标法第三条规定，中华人民共和国境内进行工程建设项目必须进行招标。
4、建设工程施工合同实行备案制度。
《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第47条规定，订立书面合同7日内，中标人应当将合同送县级以上建设行政主管部门备案；在施工过程中，各级建设工程质量监督管理部门还要对工程建设的质量进行全面监督。
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