一般而言，西部锦龟的母龟体形较圆，而公龟体形较长。母龟的底板通常平坦，而公龟的底板则呈凹形。尾巴较短的一般是母龟，尾巴较长的则是公龟。此外，母龟腹部的花纹通常较为密集，而公龟腹部的花纹则较为稀疏。
在雌性龟的特征方面，它们的背甲较短且宽，腹甲平坦且无凹陷，尾巴细且短，尾基部也细，泄殖孔距腹甲后缘较近，腹甲的2块肛盾形成的缺刻较浅，缺刻角度较大。
相比之下，雄性龟的背甲较长且窄，腹甲略微向内陷，尾巴粗且长，尾基部粗，泄殖孔距腹甲后缘较远，腹甲的2块肛盾形成的缺刻较深，缺刻角度较小。值得注意的是，雄性龟在成熟后全身会变为黑色，而雌性龟的体色则保持原来的棕褐色。
由于乌龟的生殖器官都包在身体内，外观上很难直接分辨性别。但要通过观察乌龟交配的姿势，可以较为准确地分辨。在交配时，雄龟会采用上位，雌龟则在下位，以防止滑落。因此，雄龟的腹甲略为凹陷，可以卡住雌龟突起的背壳。而雌龟的腹甲则是平的。通过翻转乌龟并触摸腹甲的幅度，可以迅速辨别出雌雄。
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