骨骼肌和心肌在显微结构上存在着显著的异同。首先，从形状和位置来看，它们有明显的差别。骨骼肌纤维呈现为长圆柱状，而心肌纤维则呈现出不规则的短圆状，并且常常有分支。骨骼肌的核呈扁椭圆形，位于肌膜下方，相比之下，心肌核则位于细胞，形状更为椭圆。
在横切层面，骨骼肌纤维切面为圆形，而心肌纤维的横切面则可能呈现出圆形或多边形，这体现出心肌组织的复杂性。骨骼肌纤维由于其功能需求，通常更为规则和长条，而心肌则需要适应心脏的复杂收缩和传导机制，所以形状更为不规则。
骨骼肌主要由横纹肌组成，占人体重量的40%，每个纤维由多核细胞构成，长度可达1～40mm，直径在10～100μm之间。而心肌组织更为特殊，包括窦房结、房内束等特殊分化的心肌细胞，以及心房肌和心室肌的工作细胞，它们共同维持心脏的正常功能。
总的来说，骨骼肌和心肌在光镜和电镜下的结构差异主要体现在纤维形状、核位置以及横切面形状上，这些差异反映了它们各自在身体中的功能和适应性特征。
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