在明朝的官僚体系中，指挥使和镇抚使的地位并非一目了然。实际上，这两个职务在明初和中期经历了多次调整。朱元璋在创建“拱卫司”后改称为“亲军都尉府”，旨在强化统治。然而，为了进一步加强集权，他在洪武十五年废除了亲军都尉府和仪鸾司，设立了锦衣卫，其中便设有镇抚司。尽管锦衣卫和镇抚司仅存在了五年，但它们在明朝历史上的影响长达290年。
朱棣即位后，出于对明惠宗下落的搜寻和统治需要，恢复了锦衣卫。此时，锦衣卫下设的镇抚司被分为南、北两司，职责分工明确。南镇抚司负责锦衣卫的内部法纪和军纪管理，而北镇抚司则专管皇帝钦定的案件，拥有的诏狱，有权逮捕、审讯和处决犯人，无需司法程序。此外，南、北镇抚司还下辖五个卫所，由千户、百户、总旗和小旗等统领。
总结起来，尽管在不同时期，指挥使和镇抚使的角色有所变化，但镇抚司在明朝历史中扮演了特殊且重要的角色，尤其是在案件审理和皇帝直接管辖的事务上，其权力不可小觑。
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