（一）建立施工企业的合同管理系统
合同管理系统，就是施工企业从上向下建立起一支专业管理队伍，实行系统管理。作为法人的施工企业，建立合同专门管理机构，这个机构等同于企业三总师室或工程部，是内部管理机构。各项目经理部也设立专职合同管理人员，隶属于企业合同专门管理机构。施工企业应制定施工合同管理办法，将合同管理系统的职责、权利、分工，用内部管理规定的形式确立下来。将合同管理系统分为两极，公司级和项目级。
（二）制定施工企业的合同管理制度
除了有专门的合同管理体系外，施工企业还必须建立一套完善的、可行的、合理的合同管理制度。这些制度包括：
1、合同的审查批准制度
施工企业在施工合同签订前还应实行审查、批准制度。即在各业务部门会签后，送交合同专门管理机构或法律顾问审查，再报请法人代表签署意见，明确表示同意对外正式签订合同。这样，通过严格的手续，使合同签订的基础更加牢靠。
2、印章管理制度
施工企业的合同专用章是代表企业在经营活动中对外行使权利、承担义务、签订合同的凭证。因此，企业对合同专用章的使用、保管要有严格的规定，要建立合同使用登记记录，合同专用章要由合同管理人员专门保管、签印，实行专章专用，尤其不准在空白合同上加盖印章。凡外出签订合同应由合同专用章的管理人员与办理签约的人一同前往签约。如合同专用章管理人员利用合同专用章谋取个人私利，应追究其行政或法律责任。
3、合同统计考查制度
合同统计考查制度就是利用科学方法、利用统计数字反馈合同订立、履行情况。通过对统计数字的分析，总结经验，找出教训，为企业经营决策提供重要的依据。
合同统计的内容一般包括中标率、谈判成功率、合同履行率等等指标。
4、合同信息管理制度
施工企业的合同由于种类多，数量大，变更频繁，人为管理效率低，可能不还会出错，必须借助先进的手段建立计算机信息系统来管理，才能达到档案化、信息化。计算机信息系统能保证正确分析合同管理情况，适应中国经济的发展趋势。
（三）施工企业的法定代表人，总经济师、项目经理必须掌握合同管理的知识
1、企业的法定代表人、总经济师是企业主要经营决策者，掌握合同管理的有关知识是领导现代企业必备的素质。前面已经论述过合同管理是企业的生命线，企业要生存，要在竞争中取胜，企业高层领导应适应客观要求。
2、项目经理也应精通合同，熟悉合同管理和索赔工作。
现代企业管理不仅需要专职的合同管理人员和机构，而且要求项目管理人员在掌握合同管理的知识前提下进行工程索赔。
（四）做好合同签订时的管理，为履行合同打好基础
建筑工程具有投资大、工期长、结构复杂、受场内场外环境影响大，不可预见性因素多的特点。施工合同应尽量做到内容完整，条款说尽，表联明确、严密。为此，合同谈判人员要在合法、依法、平等原则的基础上，通过对工程信息的调研与反馈，制定出严密、周详、可行的谈判方案，不打无准备之仗。
（五）认真履行合同，加强履约管理
1、履约管理的依据合同分析
合同分析是从执行的角度分析、补充、解释合同，将合同目标和合同规定落实到合同实施的具体问题上和具体事件上。
（1）分析合同漏洞，解释争议内容
工程施工的情况是千变万化的，再标准的合同也难免会有漏洞，找出漏洞并加以补充，此可减少合同双方的争执。另外合同双方争执的起因往往是对合同条款理解的不一致，分析条文的意思，就条文的理解达成一致，才能为索赔工作打开通道。
（2）分析合同风险，制定风险对策
界定和确认工程项目所承担的风险是什么，风险影响程度大小，才能找到对策和措施去控制风险，规避风险。
（3）分解合同并落实合同责任
主要是加强合同交底工作：项目经理部对所有的合同均进行全交底，以会议与书面相结合的形式向全体员工介绍各个合同的承包范围、各方的责任与义务、合同的主要经济指标，合同存在的风险，履约中应注意的问题，将合同责任进行分解，具体落实到职能部门与个人。同时，设置专职合同管理，对项目各部门的履约情况进行管理、分析，协调各部门的联系，这样可加大合同管理力度，提高全员合同管理的意识。
2、履约管理的方式合同控制
合同控制指承包商的合同管理组织为保证合同所约定的各项义务的全面完成及各项权利的实现，以合同分析的成果为基准，对整个合同实施过程的全面监督、检查、对比、引导及纠正的管理活动。
合同的控制方法有主动控制和被动控制。主动控制是预先分析目标偏离的可能性，拟订和采取预防性措施，以保证目标得以实现。被动控制是从计划的实际中发现偏差，对偏差采取措施及时纠正的控制方式。
合同控制的首要内容是对合同实施情况追踪，追踪的对象如：a、具体的合同事件：包括工程的质量、工期、成本、分包商的工作：对分包商的工程缺陷提出意见，提出警告，责成他们改进;c、对业主和监理工程师的工作跟踪：他们是否及时下连命令，做出答复，及时支付工程款项、追踪工程的总体情况：如整体工程的秩序如何，已完工程是否通过验收，有无大的工程事故，进度是否出现拖期，计划和实际成本有无大的偏差等。通过追踪收集、整理，能反映出实际状况的各种资料和数据，如进度报表、质量报告，成本和费用收支报表等，将这些信息与工程目标，如合同文件进行对比分析，对偏差进行处理，进行调整，可以采取组织措施派遣得力的管理人员;可以采取技术措施，采取更有效的施工方案或新技术;可以采取经济措施对工作人员进行经济激励;最有效的措施是合同措施，如找出业主的责任，通过索赔降低自己的损失。如发现业主有意不支付工程款，发生合同亏损，要及早确定战略，采取各种办法，减少仓己的损失。
3、履约管理的重点工程索赔管理
施工企业中有句口头语："中标靠压价，赚钱靠索赔"，可见在建筑市场竞争越来越激烈的当今索赔是十分重要的。在施工过程中，项目经理部管理人员要认真研究合同条件，关注现场动态，积极找寻索赔依据、计算出索赔费用，及时提出索赔，做好索赔的管理工作。在分包合同履行中，项目经理部也应加强合同管理.积极进行合同交底及合同履行的跟踪管理工作，在施工过程中注意正确履行我方的责任，严格控制反索赔事件的发生。
建立施工企业合同专门管理机构，制定合同审查的批准制度、印章管理制度、合同统计考查制度、合同信息管理制度，法定代表人，总经济师、项目经理协同合作，认真履行合同，加强履约管理，由争议漏洞的地方协商好，有风险的地方想好对策，分解并落实合同责任，重点工程索赔管理，有了以上这些施工合同管理措施，才能尽量避免事后纠纷。
一、工程质量问题的应对措施
1、注重成本分析，以合理价位中标。
针对投标报价低于成本价问题，施工企业一要全面提高自身素质，综合发挥企业优势。一方面要有的估价信息，加强企业成本核算，对自己的成本水平要有充分的估算，并要根据企业自身的经营管理水平建立自己特有的企业内部定额，做到“心中有数”，不至于出现盲目报价的情况；另一方面要从技术和管理方面入手，发挥自身优势，提高效率，降低成本，不断更新工艺、采用最新技术和先进的管理模式。二要适应和遵循日趋健全的外部制约机制。在招投标环节，已开始全面实施投标保证金、履约保证金制度。三要加强内部合同管理。投标人在实施工程建设过程中，要严格执行合同中有关价格的条款，维护招标投标结果的权威性，保证建设工程合同的严肃性，依法办事，不虚报冒算，不投机取巧，减少纠纷，防止较低价格中标所可能出现的各种“后遗症”。
2、严格工序，按图施工。
凡发生工程设计变更，均必须由建设单位书面告知施工单位方可组织实施。设计变更超过原设计标准或批准的建设规模时，施工单位应在建设单位报规划管理部门和其他有关部门重新审查批准，并由原设计单位提供变更的相应图纸和说明，并收到建设单位或者监理单位发出书面设计变更通知单后，方可组织实施。对于建设单位违反强制性规范，擅自变更设计的要求，施工单位应书面予以拒绝，并保留好签收原件。当然，严格按图施工也不是机械的“按图”。施工单位是具有或应该具有相应的专业知识、技术技能、实践经验和判断能力的专业队伍，同时也有义务注意施工方案中是否有明显的缺陷，如果按明显有缺陷的图纸进行施工，则也应对工程质量缺陷承担法律责任。
因此要求施工单位应注意：第一，配备懂设计的现场施工人员。第二，认真组织图纸会审。第三，图纸上的瑕疵一一列出，形成书面材料向建设单位提出。同时在施工过程中，对图纸上的明显缺陷也要向建设单位及时报告。
3、严把建材等检验关。
施工单位对建材的使用负有检验的义务，实践中应注意：
(1)在使用建设单位供应的材料设备之前，依据建筑工程设计要求、施工技术标准和合同的约定对建筑材料、建筑构配件和设备进行检验，不合格的不得使用，并通知建设单位予以退换，以保证施工质量。
(2)注意收集建设单位提供或指定购买材料的证据。实践中建设单位供料在施工合同中不会完全规定，如果无法证明是建设单位提供或指定，在诉讼中施工单位将处于被动地位，所以如果是建设单位提供或指定的，应该有明确的指令，没有指令的应该在会议纪要中明确，及有其他书面材料加以证明。
(3)施工单位需要使用代用材料设备时，须经工程师认可后方可使用，由此增减的合同价款由双方以书面形式议定。

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