生物工程自诞生以来，主要涉足发酵、制药、食品等多个领域。比如生产啤酒、味精、氨基酸，甚至制作酱油、葡萄酒、白酒。其中，制药是其最主要的应用方向。如今，医院里开具的大部分药物都是抗生素，这些药物均是通过生物工程技术制造而成。
生物工程与生物技术虽密切相关，但侧重点不同。生物技术更偏向于理论研究，因此毕业生多会进入科研单位工作。而生物工程则更侧重于实际操作，毕业生多会进入工厂，通过多年积累，最终成为工程师。当然，如果学生希望从事科研工作，也可以选择继续深造。
生物工程的应用范围广泛，除了制药，还包括发酵、食品加工等多个方面。例如，利用发酵技术可以生产各种微生物代谢产物，如抗生素、酶制剂等。在食品工业中，生物工程同样大显身手，如生产味精、氨基酸等食品添加剂，以及酿造各种酒类。这些产品不仅丰富了人们的日常生活，也为生物工程技术的发展提供了广阔的市场空间。
生物工程的实践性很强，要求从业者具备扎实的理论知识和丰富的实践经验。因此，许多生物工程专业的毕业生选择先在工厂工作，积累经验，逐步成长为技术骨干。而那些对科学研究更感兴趣的学生，则可以选择继续深造，进入科研院所或高校，从事更加前沿的研究工作。
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