蒽醌类化合物根据其母核结构的不同，可分为单蒽核和双蒽核两大类。在单蒽核类中，又细分为多种类型，包括蒽醌及其苷类、氧化蒽酚衍生物、蒽酚或蒽酮衍生物以及C-糖基余肆蒽衍生物。
1. 蒽醌及其苷类是天然蒽醌的主要形式，以9,10-蒽醌最为常见。这类化合物在中药中广泛存在，如大黄和虎杖，它们的活性成分属于大黄素型羟基蒽醌衍生物。这些化合物可能与葡萄糖、鼠李糖等糖类分子结合形成苷。
2. 氧化蒽酚衍生物是蒽醌在碱性条件下被还原生成的不稳定产物，容易进一步氧化成蒽酮或蒽酚。
3. 蒽酚或蒽酮衍生物是蒽酮在酸性条件下被还原或氧化生成的化合物。新鲜大黄中存在蒽酚类成分，但贮存两年以上后，这些成分难以检测到。
4. C-糖基余肆蒽衍生物是糖类侧链通过碳-碳键与蒽核直接相连的化合物。
在双蒽核类中，包括二蒽酮类衍生物、二蒽醌以及去氢二蒽酮类。
1. 二蒽酮类衍生物是由两个蒽酮分子脱氢缩合而成的化合物，结构对称。它们多以苷的形式存在，如中药大黄和番泻叶中的主要成分番泻苷A、B、C、D。
2. 二蒽醌类是由两个蒽醌环通过共价键连接而成的化合物，结构对称，呈现特殊的紫红色。
3. 去氢二蒽酮类是二蒽酮类进一步氧化的产物，两个蒽环之间以双键相连，颜色更深，呈紫红色。
以上各类蒽醌化合物在自然界中广泛存在，并在中药中发挥着重要的药理作用。
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