北美小鳄龟苗与杂佛鳄龟苗的区分可以从多个方面进行：
首先在头部特征上，北美小鳄龟苗通常头部为黑色且头型较为尖锐，眼睛颜色多为米黄色，脖子上只有少量肉刺；而杂佛鳄龟苗头部则多为白色，头型较圆，嘴巴下方有黑色条纹，脖子和头部都有明显的肉刺，眼睛颜色为十字或一字型。
其次在背甲上，北美小鳄龟苗的背甲颜色一般为黑色，有些则为黄色，看起来前窄后宽，尾部边缘呈明显的锯齿状；而杂佛鳄龟苗的背甲颜色多为黄色，形状较圆，背甲中部相对较高耸，尾部锯齿状边缘不明显。
此外，尾部也是区分的依据之一。北美小鳄龟苗的尾部沿尾根到尾尖有三条棘刺，中间的一条明显高于两侧；而杂佛鳄龟苗的尾部沿尾根到尾尖有三条棘刺，高度相近，中间没有突起高于两侧。
值得注意的是，杂佛鳄龟苗是北美与佛鳄的混种，因此会同时表现出两种特征的某些特点。总的来说，上述三点是最直观、最基础的区分方法，但具体的细节还需要多参考一些龟图来辅助判断。
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