复旦大学的收费标准按学分收取，按学年预收。大部分本科专业学费为5000-6500元/学年·人，艺术设计专业为10000元/学年·人，软件工程专业四年学费为31000元/人。高职学费为7500元/学年·人。
住宿费用根据实际住宿条件收取，范围为600-1600元/学年·人。
复旦大学建立了一套完善的研究生奖助体系，旨在激励研究生潜心钻研，保证每一位学生能够在校安心学习。该体系包括研究生奖学金、三助（助管、助教、助研）、国家助学贷款和困难补助。
研究生奖学金主要由学业奖学金和专项奖学金构成。其中，学业奖学金由学校出资设立，面向非定向研究生。博士生奖学金覆盖面不低于90%，一等奖学金奖额10000元；硕士生奖学金覆盖面不低于70%，一等奖学金奖额8000元。专项奖学金则由社会团体、企业或个人捐资设立，每年约30个奖项，名额500余名，奖金总额200余万元。
三助计划为研究生提供了多种岗位，包括助管、助教和助研。学校每年分别提供约600个助管和助教岗位；非定向博士生每生每年可获得不低于5000元的助研津贴。
国家助学贷款是国家资助贫困学生完成学业的性信用商业贷款，无需担保和抵押，学生在校学习期间的利息由国家财政补贴，毕业生可以选择毕业后两年内的任意一天开始偿还本金，还款总时间为毕业后6年。新生报到注册后可申请国家助学贷款，每生每学年最高贷款额为6000元（博士生）、5600元（硕士生）。
困难补助分为两类：应急补助和社会资助。学校建立“应急基金”，对因灾祸疾病等原因导致学生生活困难的，给予一定补助。社会资助则接受社会团体和热心人士的捐资捐赠，资助经济困难的学生。
对于异地考研的学生，解决住宿问题显得尤为重要。复旦大学校内的宿舍安装刷卡设备，外校学生难以混住。可以选择住在复旦南区的招待所，国年路上，3人一间，每天四五十元，不接受预订。若短期住宿且对条件要求较高，可考虑上海应用技术学院的同舟大厦，房价200元左右。还有邯郸路上的兰生大酒店，价格更贵。职达求职旅社上海复旦大学店位于邯郸路10号，兰生大酒店对面，经过改建后，格局变为国际青年旅社标准，房型与价格：8人间20元/天/床位、6人间25元/天/床位、4人间30元/天/床位、2人间120元/天/间，步行约10分钟路程。
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