等位基因是位于一对同源染色体相同位置上控制同一性状的不同形式的基因。比如，控制发色的基因可能有红色和黑色两种等位基因。等位基因的显性和隐性关系决定了其在遗传中的表现形式。显性等位基因通常会掩盖隐性等位基因的表现。在个体中，通常只会表现出显性等位基因所控制的性状。
非等位基因是指在不同染色体上控制不同性状的基因。例如，控制有无耳垂的基因Aa和控制有无美人尖的基因Bb，这两对基因分别位于不同的染色体上，因此它们是非等位基因。非等位基因之间没有直接的相互作用，它们的表现形式相互。
相等基因在生物学上并不是一个常用的概念。在大多数情况下，提到的等位基因指的是同源染色体上的不同形式的基因，而相等基因通常是指完全相同的基因拷贝，这种情况在同源染色体中较为常见。同源染色体上的两个基因拷贝在大多数情况下是相同的，但也可能携带不同的突变。
因此，等位基因主要存在于同源染色体上，而非等位基因则存在于非同源染色体上。相等基因这一概念主要用于描述同源染色体上的两个基因拷贝是否完全相同。非同源染色体上的基因通常是非等位基因，它们控制不同的性状，且彼此间没有直接的相互作用。
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