深圳第二类医疗器械经营许可证申请所需材料清单如下：
1. 《第二类医疗器械经营备案申请表》。
2. 营业执照副本。
3. 法定代表人、质量负责人的身份证明及其学历或者职称证明的复印件。
4. 组织机构架构与部门设置说明。
5. 拟经营范围、经营方式的说明。
6. 经营场所、库房地址的地理位置图、平面图以及房屋产权证明文件，或者由房屋租赁机构出具的租赁凭证的复印件。
7. 经营设施、设备目录。
8. 经营质量管理制度、工作程序等相关文件目录。
9. 经办人的授权证明。
请注意，以上材料要求在当天提供。如对相关要求不够明确，可以随时咨询以获取详细信息。
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