在时间的长河中，《轩辕剑五》的剧情有着清晰的时间线。《云之遥》讲述了皇甫暮云青年时期的故事，而《汉之云》则聚焦于朝云与暮云壮年时期对抗。当朝云与暮云合体，他们进入山海界，故事随之转移到了《轩辕剑五》的舞台。《云之遥》的主角徐暮云和《汉之云》的主角皇甫朝云是双胞胎兄弟，同为轩辕剑的转世。《云之遥》从暮云16岁左右开始，到了本篇后期，暮云大约20-22岁，这时诸葛亮第三次北伐已经结束，飞羽已经建立，但朝云和暮云尚未正面交锋。
《云之遥》的兰茵篇和两个五丈原篇的时间与《汉之云》大致相同，从对立的角度讲述了诸葛亮第四、五次北伐的故事。在故事的尾声，朝云、暮云为了诸葛亮的生死在观星台对决，最终一人牺牲，另一人继承了死者的剑气，以皇甫暮云的名字前往山海界救天女。《轩辕剑五》的故事，无论是正常结局还是隐藏结局，最终皇甫暮云都会在山海界死去，变回剑的原形。
隐藏结局是理解整个故事的关键，因为它完整地讲述了黄帝与天女的凄美故事以及轩辕剑的来历。在隐藏结局中，皇甫暮云为了将剑身上的文字展示给天女而自尽。这一结局对完善《轩辕剑》系列的剧情与故事架构至关重要。
而在《汉之云》的情节中，夏柔带着轩辕剑回到轩辕界，将剑交给耶亚希，剑中的朝云灵魂与耶亚希融合。
皇甫暮云前往山海界的原因是为了救天女，因为天女曾是黄帝和天女合作铸造的轩辕剑的化身，后来因下凡太久变成了旱魁，黄帝将其关押在山海界。山海界的几个首领又将天女分为身、魄、精三部分，分别囚禁。
在《一剑凌云山海情》中，普通结局下，暮云与陆承轩战斗至死，隐藏结局中，暮云为了感动天女而自尽，化身为轩辕剑，让天女看到剑上的铭文。
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