新农合的报销因地区不同而有所差异，一般而言，报销比例和起付线是关键因素。从2012年起，新农合进行了重大调整，报销比例显著提高，在乡级医院住院的患者报销比例可达到90%，而省级医院的报销比例也高达65%。
然而，在选择医院时，不应仅关注报销比例，还应考虑起付线的高低。起付线是指参合人需自行承担的医疗费用部分。这意味着，只有在扣除起付线后的医疗费用才能按照报销比例进行报销。许多农民对此并不了解，起付线的设定实际上是为了确保基础医疗费用由个人承担。
很多参合人员倾向于选择报销比例较高的省级医院，然而，这种选择并不总是最优的。以乡级和省级医院为例，乡级医疗机构的报销比例为90%，而省级医院为65%，表面上看，两者相差25%，但实际上，这种差异远远超过了25%。乡级医疗机构的起付线仅为100元，而省级医院的起付线则高达2000元，这意味着，在省级医院治疗的个人负担会多出1900元。
此外，乡级医疗机构的治疗总费用通常也低于省级医院。因此，对于一些小病或小手术，如发烧、咳嗽、阑尾炎、割包皮等，王耀平建议选择基层医院进行治疗，性价比最高。
对于频繁住院的参合人员，新农合给予了人性化关怀。在年度内第二次或更多次入住同级别医院时，起付线可减半。此外，14周岁以下的儿童住院时，报销起付线可降低50%；在县级及以上中医院住院治疗的，报销起付线可在规定的基础上降低100元。
对于不在户口所在地而需就医的参合人员，可以在当地医疗机构享受与户口所在县同级别定点医疗机构相同的报销标准。
新农合一直致力于解决“只保小病，不保大病”的问题，通过不断提高报销封顶线，确保农民负担得起治疗大病的费用。自2012年起，封顶线从10万元提高至15万元。对于一次性住院费用超过6万元的参合患者，扣除起付线后的报销比例为80%；若费用超过10万元，则报销比例可高达90%。
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