根据590号令的规定，房屋征收补偿遵循“先补偿后搬迁”的原则，意味着补偿金额必须在搬迁前通过协议明确，不可先搬迁再谈补偿，更不允许拆除房屋后再确定补偿金额。因此，房屋补偿协议一旦确定，付款方式应依照协议约定执行。若协议中未明确付款次数，双方可以通过补充协议来解决，前提是双方都应具备相互信任的精神，征收方不应担心先支付款项后对方不按协议搬迁，被征收方也不应担心搬迁腾空后征收方不支付补偿款。
在实际操作过程中，通常会将协议中的房屋补偿款一次性付清，而其他奖励及补贴或过渡费用则在腾空验收后支付。合同中会明确约定违约责任，例如若被征收方未按协议约定时间搬迁，则可以取消其奖励或补贴等，以此来确保双方能够公平公正地履行各自的权利和义务。
将补偿款分两次支付，其中一次支付补偿款的50%，这种说法并不准确。在实际操作中，通常会一次性支付全部补偿款，并在腾空验收后支付其他奖励及补贴或过渡费用。这样做可以确保被征收方有足够的时间准备搬迁，同时也能避免因多次支付而增加的复杂性和不确定性。
无论补偿款是一次性支付还是分多次支付，关键在于确保协议的明确性和双方的信任。应当遵守协议条款，及时支付补偿款；被征收方则需按时搬迁，避免违约行为导致奖励或补贴被取消。这样，双方才能在公平公正的基础上顺利完成房屋征收补偿过程。
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