果胶在特定条件下可以形成凝胶，其凝胶的形成条件和强度受到多种因素的影响。当果胶的DE大于50%时，形成凝胶的条件是可溶性固形物含量（通常是糖）超过55%，pH值在2.0～3.5之间。而当DE小于等于50%时，通过加入Ca2+可以形成凝胶，此时可溶性固形物含量为10%～20%，pH值为2.5～6.5。
HM与LM果胶的胶凝机制有所不同。HM果胶溶液需要在糖和酸存在的情况下才能胶凝，这被称为糖-酸-果胶凝胶。当果胶溶液的pH值足够低时，羧酸盐基团会转化为羧酸基团，从而使分子不带电荷，分子间斥力降低，水合程度减少，分子间缔合形成凝胶。糖的浓度越高，越有助于形成接合区，这是因为糖与果胶分子链竞争结合水，导致分子链的溶剂化程度下降，有利于分子链间的相互作用。通常，糖的浓度至少需要达到55%，最好在65%以上。
凝胶是由果胶分子形成的三维网状结构，同时水和溶质固定在网孔中。凝胶的形成与多种因素有关，其中果胶分子的链长和连接区的化学性质是最主要的影响因素。在相同条件下，相对分子质量越大，形成的凝胶越强；如果果胶分子链降解，则形成的凝胶强度较弱。凝胶破裂强度与平均相对分子质量之间具有良好的相关性，凝胶破裂强度还与每个分子参与连接的点的数目有关。
HM果胶的酯化度与凝胶的胶凝温度有关，因此可以根据胶凝时间和胶凝温度进一步将HM果胶分类。凝胶形成的pH值也与酯化度相关，快速胶凝的果胶（高酯化度）在pH3.3时可以胶凝，而慢速胶凝的果胶（低酯化度）在pH2.8时可以胶凝。凝胶形成的条件还受到可溶性固形物含量和pH值的影响，固形物含量越高及pH值越低，则可在较高温度下胶凝。因此，在制造果酱和糖果时，必须选择适当的Brix（固形物含量）、pH值以及适合类型的果胶以达到期望的胶凝温度。
LM果胶（DE≥50%）必须在二价阳离子（如Ca2+）存在的情况下才能形成凝胶。胶凝机制是由不同分子链的均匀（均一的半乳糖醛酸）区间形成分子间接合区。胶凝能力随DE的减少而增加。与所有高聚物一样，相对分子质量越小，形成的凝胶越弱。凝胶的形成还受到外部因素如温度、pH值、离子强度以及Ca2+浓度的影响。凝胶的形成对pH非常敏感，pH3.5时，LM果胶胶凝所需的Ca2+量超过中性条件。在一价盐NaCl存在的情况下，果胶胶凝所需的Ca2+量可以减少。由于pH与糖的双重因素可以促进分子链间的相互作用，因此可以在Ca2+浓度较低的情况下进行胶凝。详情
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