商丘穴位于足太阴脾经上，具体位置是在足内踝前下方的凹陷处，即舟骨结节与内踝尖连线的中点。取穴时，可以采取正坐垂足或仰卧的姿势，在内踝前下方找到凹陷处，即为商丘穴。
穴位解剖结构复杂，主要位于皮肤、皮下组织以及屈肌支持带之间。皮肤由股神经和隐神经分布，皮下筋膜较为松弛，含有足静脉网及大隐静脉的起始部。足背筋膜深面存在内踝动脉网，由内踝前后动脉、跗内侧动脉、跟内侧支及足底内侧动脉分支组成。针灸时，针由皮肤、皮下筋膜穿过足背筋膜，进入胫骨前肌（腱）内后方，小腿十字韧带的内侧上、下支之间，最终抵达距骨内侧面的骨膜。
商丘穴具有特殊的性质，属于五输穴中的经穴，五行属性为金。其主要功能包括治疗腹胀、肠鸣、腹泻、便秘、消化不良、足踝痛、神经性呕吐以及急慢性胃炎、肠炎等症状。
需要注意的是，商丘穴并不位于大脚趾旁边，而是在足内踝前下方的特定位置。
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