别称不同、出生时间不同。释迦牟尼佛是佛教创立者，他创立了一套佛学理论，给信佛的善男信女带来了强大的精神信仰，佛教传入中国之后，释迦牟尼也被称为如来佛。释迦牟尼佛的左右胁持分别为文殊菩萨和普贤菩萨，三人并称“华严三圣”。药师佛又称之为大医王佛，是佛教东方琉璃净土的教主，与日光菩萨、月光菩萨三人并称东方三圣。而释迦牟尼佛和药师佛之间有着很多不同之处，他们的别称不同；释迦牟尼佛的别称则是：佛祖、佛陀（觉者）、世尊、释尊、天尊；而药师佛的别称有：药师如来、大医王佛、医王善逝、十二愿王。其次，释迦牟尼佛和药师佛的出生时间也不尽相同，释迦牟尼佛的诞辰则是西元前511年农历四月初八；而药师佛的诞辰是农历九月三十日。
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