分公司药店是否可以办理诊所备案登记，要看具体的情况。一般来说，有以下几种可能：
如果分公司药店是作为总公司的分支机构，没有的法人资格，那么它不能以自己的名义办理诊所备案登记，也不能借用总公司的资质开展诊疗活动。因为《诊所备案管理暂行办法》第五条规定，设置诊所应当同时具备下列条件：（四）能够承担民事责任。
如果分公司药店是作为总公司的子公司，有的法人资格，那么它可以以自己的名义办理诊所备案登记，但需要满足其他条件，如有符合规定的名称、场所、人员、设备等，并按照国家有关规定向所在地县（区）级卫生健康行政部门报备。
如果分公司药店是作为总公司的合作伙伴，与总公司有合同约定，那么它可以借用总公司的资质开展诊疗活动，但需要遵守相关法律法规和合同约定，不得超出备案范围或者损害总公司的利益。
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