不能。商业用地不能建厂房。建厂房应使用工业用地，如果有商业用地，可申请办理用途变更，土地变更之后才能建厂房。国有土地出让的都称之为建设用地，根据规划，每个土地都有使用属性，比如住宅用地，基础设施用地，如果要变更土地使用属性，那么需要经过规划部门和土地部门的批准才可以。
法律依据：《城市房屋权属登记管理办法》第五条 房屋权属证书是权利人依法拥有房屋所有权并对房屋行使占有、使用、收益和处分权利的唯一合法凭证。依法登记的房屋权利受国家法律保护。
第二十三条 有下列情形之一的，登记机关应当作出不予登记的决定：
（一）属于违章建筑的；
（二）属于临时建筑的；
（三）法律、法规规定的其他情形。
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