百草枯和草甘膦是两种不同的除草剂，它们的主要区别如下：
1、作用机理不同。草甘膦是一种有机磷类内吸型除草剂，主要通过抑制植物内部有关酶的活性，干扰氨基酸的代谢，进而影响蛋白质的合成，最终导致植物死亡；百草枯是一种速效触杀型灭生性除草剂，对植物绿色组织有很强的破坏作用，喷洒后2到3个小时即可见效，但它没有内吸传导作用，只能杀死着药部位的植物组织，对植物根部和土壤内潜藏的种子无效，因此施药后杂草可能再生。
2、毒性不同。草甘膦误服情况下，可能导致头晕恶心、四肢无力、喉部疼痛等症状，严重时甚至致命；百草枯的毒性更强，误服几毫升即可致命，且无特效解毒药，中毒症状包括多器官衰竭、肺部纤维化、呼吸衰竭等，非常痛苦。
3、市场情况不同。草甘膦是世界上用量最多的除草剂之一；百草枯在中国早在2014年就被撤销登记和生产许可，并停止生产，2016年水制剂也已在国内停止销售和使用。
4、使用时机不同。草甘膦适用于杂草生长旺盛时期，尤其是杂草开花前；百草枯则适用于杂草根部较小时期，通常在晴天的中午使用，因为高温有助于提高除草效果。
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