两者的有机构层级与隶属关系、行政级别与权限、编制与经费来源等区别。1、机构层级与隶属关系：市直是指直接隶属于市级管理的机关、事业单位或国有企业。区直是指隶属于各区级管理的机关、事业单位或国有企业。
2、行政级别与权限：市直单位通常在行政级别上高于区直单位，决策层级更接近市级制定中心，享有更广泛的资源配置权和影响力。区直单位主要负责执行市级，并结合本区实际情况进行具体实施和管理，工作内容更加贴近基层和社会实际。
3、编制与经费来源：市直单位人员编制和经费预算由市级统一管理，工资待遇及办公经费等来源于市级财政。区直单位人员编制和经费预算由区级管理，其资金来源于区级财政。
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