夏季是病虫害的高发季节。桔子树可能会遭受多种病害的侵袭，包括真菌性病害如脚腐病、流胶病、树脂病、疮痂病、炭疽病、黑星病、黄斑病、白粉病、煤烟病和立枯病等；细菌性病害如溃疡病；线虫病害如根线虫病和根结线虫病；生理性病害如油斑病、裂果病和日灼病；以及病毒、类病毒和病因不明的病害如黄龙病、裂皮病和衰退病等。柑橘树上常见的害虫有螨类、蚧类、粉虱、蚜虫、天牛、吉丁虫、潜叶蛾、卷叶蛾、吸果夜蛾、实蝇和瘿蚊等，已知的种类超过350种。
对于由真菌引起的病害，通常可使用多菌灵等杀菌剂进行防治。对于虫害，则需使用相应的杀虫剂。例如，红蜘蛛和锈蜘蛛可以用50%的螨代治乳油进行喷洒防治；千叶蛾则可以通过喷洒5%的吡虫啉乳油2000-3000倍液来防治；介壳虫可以使用40.7%的乐斯本1000倍液进行喷洒；而蚜虫害则可以通过喷洒50%的抗蚜威1500倍液来控制。详情
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