鱼缸里的水草发黑腐烂，通常是因为喂食时鱼类产生的排泄物和未完全消化的食物会污染水质，从而产生大量病原体。鱼类在缸内活动时，会对水草造成持续性的冲击甚至啃食，导致水草受伤，为病原体的入侵提供了机会。
一旦水草受到病毒感染，往往难以治愈，因此预防尤为重要。首先，要确保进入水草缸中的鱼类和饵料清洁卫生，消除或削减病原的来源。其次，适当减少鱼类的数量，以此减少饵料的投喂量，降低水质污染程度。发现病株时，应及时将其剔除，补种健康新株，防止病害蔓延。
同时，应尽量减少大幅度的修剪，以减少伤口感染的机会。定期换水可以有效稀释水中的病原体，只要达到致病的临界稀释度以下，水草就不会发生感染而腐烂。保持水质清洁和环境稳定，是预防水草发黑腐烂的关键。
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