根据税法规定，企业在计算员工出差期间的补助时，如果超出标准部分需要按照工资薪金所得合并计征个人所得税。具体标准如下：在深圳、珠海、汕头、海南，补助标准为每天30元；在大连、秦皇岛、天津、烟台、青岛、连云港、南通、上海、宁波、温州、福州、广州、湛江、北海，补助标准同样为每天30元；在其他城市，补助标准为每天20元。若员工出差补助未超过上述标准，则无需缴纳个人所得税，只需在相关费用科目中核算即可。通常情况下，企业会按照30元的标准进行扣除作为费用，若有超过部分则需计算缴纳个人所得税。
以云南地州为例，公司规定出差补贴每人每天50元，这已经超过了上述标准。因此，超过部分需要合并到员工当月的工资中，按照个人所得税法进行征税。例如，如果一名员工出差3天，那么补贴总额为150元，其中120元（3天*40元）属于免税部分，30元（3天*10元）则需按照工资薪金所得合并计税。
需要注意的是，企业在进行差旅费用核算时，应当严格遵守税法规定，确保合规操作。对于超出标准的差旅费用，企业需要在工资表中进行相应调整，以确保税法规定的扣除标准得到准确执行。此外，员工在申报个人所得税时，也应当将超出标准的部分计入应纳税所得额，以确保税务合规。
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