财政部国库司有关负责人指出，新制度与旧制度相比，有十个显著的变化。首先，新制度更加明确了会计核算的目标，旨在满足行政单位预算管理和财务管理的双重需求，不仅要反映预算执行情况，还要反映财务状况。
其次，会计核算方法进一步改进，除了在固定资产核算中采用“双分录”的基础上，扩大了“双分录”的应用范围，以实现更全面的会计核算目标。
此外，新制度更完整地体现了财政改革对会计核算的要求，将近年来适应财政改革要求发布的会计核算补充规定统一纳入其中，有助于深化财政改革。
再者，新制度进一步充实了资产负债核算内容，将原制度中的资产负债科目进行细分，并新增了无形资产、在建工程等会计科目，更好地满足财务管理需求。
另外，新制度还新增了直接负责管理的社会公共服务资产的核算规定，增设了“储备物资”、“公共基础设施”科目，单独核算反映为社会提供公共服务资产的情况，与行政单位自用资产相区分，使会计信息反映更加科学。
同时，新制度增加了固定资产折旧和无形资产摊销的会计处理，计提折旧和摊销时冲减相关净资产，真实反映资产价值，为下一步核算反映行政成本奠定基础。
新制度还解决了基建会计信息未在行政单位“大账”上反映的问题，要求基建会计信息定期并入行政单位会计“大账”。进一步完善了净资产核算，增设了“资产基金”和“待偿债净资产”科目，主要反映非货币性资产和部分负债变动对净资产的影响，以便准确反映单位净资产状况。
此外，新制度进一步规范了单位收支会计核算，调整了收支类会计科目的设置，更好地满足财政预算管理的要求。
最后，新制度完善了财务报表体系和结构，增加了财政拨款收入支出表，改进了资产负债表和收入支出表的结构和项目。
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