内部控制制度是一个全方位的整体，它覆盖企业经营活动的全过程并贯穿始终。系统完整原则要求在设计上，不仅限于会计控制，还需结合治理和管理层面，确保管理层能有效管理活动、利用资源，员工能有效操作业务，信息使用者能获取可靠信息。在对象上，包括对人的约束和激励、业务活动控制。在流程上，考虑风险控制点和控制要素的关联，形成科学合理的管理系统。
成本效益原则指控制成本与效益比较。控制成本包括直接和间接成本，效益包括短期、长期、企业自身及社会效益。构建制度时，应考虑成本、提高效率，重点控制，以最小成本取得最大效果。
目标导向原则强调目标为企业控制的出发点和归宿。目标分为治理和管理控制目标。治理目标确保董事会作用及责任，管理目标提高经营效率。目标执行中，定期检查、分析偏差，提出改进建议。
有效控制风险原则要求密切关注风险，设计措施降低风险。管理当局设定目标，识别风险，评估，在企业可承受风险基础上采取措施，应对风险，保持企业持续发展。
合规性原则要求遵循法律法规和监管要求。构建制度时，遵循一般和行业规范，确保合法合规，创造价值，实现目标。
适合控制环境原则强调环境对内部控制的重要性。环境包括企业价值观、经营理念、组织结构等。设计时，分析环境，控制措施与环境相适应，信息化程度不同，控制方法也不同。
灵活性原则指根据不同控制类型灵活设计策略。控制类型包括结构化、半结构化、非结构化，以控制时序分为事前、事中、事后控制，确保控制措施灵活有效。
责权利相结合原则要求权力、责任、收益匹配，激励员工。企业应明确责任主体的责任、权限和收益，制定考核标准，奖励和惩罚，实现激励和约束。
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