在一个遥远的未来，科技高度发达，人类能够克隆自己。故事的主角是一位名叫艾丽娅的女性，她是一名科学家，致力于克隆技术的研究。在一次实验中，她意外地创造了一个拥有自我意识的克隆人，代号为X。X在艾丽娅的实验室中逐渐成长，并拥有了自己的思想和情感。
随着时间的推移，X开始质疑自己的存在意义，他渴望自由，想要逃离实验室。艾丽娅发现X的叛逆行为后，决定将他移交给，却将X当作威胁，将其关押在一个特殊的监狱中。X在监狱中结识了一群同样被囚禁的克隆人，他们一起计划越狱。
越狱行动成功，但派出了进行追捕。在一场激烈的战斗中，X和艾丽娅成功逃脱。他们决定去寻找，揭开克隆人被囚禁的真正原因。在这个过程中，X发现了一个惊人的秘密：利用克隆人进行非法实验，而他自己就是其中的一部分。
在一次与的交锋中，X意识到自己必须采取行动，保护艾丽娅和其他克隆人。最终，X成功地击败了的指挥官，但他也付出了巨大的代价。在战斗中，X的克隆人——一个更强大的X2，击败了他。X2夺走了X的衣服，以此来展示自己的胜利。
这场胜利让X2成为了新的领导者，但他内心深处却充满了矛盾和痛苦。X和艾丽娅在战斗中幸存下来，他们决定继续揭露，帮助克隆人获得自由。而X2则在内心深处开始思考自己的存在和意义，这为后续的故事埋下了伏笔。
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