霉菌的基本单位是菌丝，而酵母菌则相对光滑且湿润。辨别它们的一个简单方法是观察菌落的边缘：如果菌落边缘呈现毛绒绒状，这通常是霉菌的特征；而酵母菌的边缘则显得不平整或光滑，有时还会带有外生长丝状物或凹凸不平的特征。
颜色也是辨别两者的一个重要依据。一般而言，粉红色的菌落是酵母的标志，而白色菌落则很可能是霉菌。如果菌落较大且颜色为白色或青绿色，边缘有明显的菌丝，这很可能是霉菌。反之，如果菌落较小且边缘光滑，这通常是酵母的特征。
为了更准确地观察和分析，建议使用放大镜，尤其是解剖镜更为理想。此外，也可以从培养基中挑出菌苔，进行水压化处理并加盖玻片，在显微镜下观察。如果条件允许，使用美蓝染色能够进一步提高观察效果。
在完成初步观察后，可以改变培养温度，升高或降低，继续培养一段时间，观察菌丝或孢子的变化。不过，这需要得到领导的许可，并确保不会超出规定的检验周期。
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