常用的苦瓜嫁接砧木包括：(1)黑籽南瓜，它是一种半野生的葫芦科植物，与苦瓜的嫁接亲和性及共生性良好，嫁接成活率通常超过90%。其嫁接稳定性强，嫁接苗定植后生长旺盛，环境变化对其影响较小，不易发生徒长，管理相对简单。黑籽南瓜耐低温，当地温降至10℃左右或气温降至6～10℃时，其根系仍保持一定吸收能力，嫁接植株较少受低温危害。此外，它对苦瓜枯萎病有很高抗性，对苦瓜根结线虫病也有一定抗性，且不会对苦瓜果实产生不良影响。黑籽南瓜砧木主要适用于北方地区保护地苦瓜嫁接栽培。还有如金刚铁甲、全能铁甲、新土佐、勇士等南瓜砧木，也适用于与苦瓜嫁接。(2)丝瓜，其根系比苦瓜更发达，再生能力和吸收能力强，对苦瓜枯萎病有高抗性。丝瓜与苦瓜的嫁接亲和性及共生性良好，嫁接成活率一般达90%以上，稳定性强，嫁接苗定植后生长稳定，不易受环境变化影响，耐涝和耐阴能力比苦瓜强，适合泼浇施肥，不对苦瓜果实产生不良影响。丝瓜砧木主要应用于南方苦瓜栽培，专用砧木如双依，当地丝瓜品种作砧木时，应先进行嫁接栽培试验。(3)威力，这是荷兰最新引进的苦瓜专用嫁接砧木，具有控制节间、抗病性强，特别是抗黄叶病、死棵病、病毒病等特点，解决了苦瓜砧木不耐涝、植株早衰、产量低等问题，能增产约30%。(4)牵手，具有抗丝瓜枯萎病的特性，是苦瓜专用的根砧。(5)双依，专为苦瓜嫁接设计，抗苦瓜枯萎病，与苦瓜嫁接亲和性良好，抗枯萎病，且耐根瘤线虫，嫁接后苦瓜生长旺盛，结果早且数量多。
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