工学硕士属于学术型硕士，工程硕士属于专业型硕士。学术型学位包括哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、军事学、管理学。专业学位则包括工商管理硕士（MBA）、法律硕士、公共管理硕士、教育硕士、公共卫生硕士、体育硕士、软件工程硕士、工程硕士、会计专业硕士、建筑学硕士、临床硕士、艺术硕士、风景园林硕士、农业推广硕士、兽医硕士等。
学术型硕士和专业硕士的区别主要体现在培养方向、招生条件、招生考试、入学难度、学习方式和学习费用等方面。学术型硕士教育主要以培养教学和科研人才为主，要求报考者无一定年限的工作经历。而专业硕士则为特定职业高层次专门人才而设置，多数要求有一定年限的工作经历，且报考需经所在单位或相应管理部门的同意。
学术型硕士的招生考试只有年初的“统考”，而专业硕士则有10月份的“联考”和年初的“统考”两次机会。学术型硕士的入学难度较大，如北大、清华等名校热门专业的录取比例甚至为70：1，而二流学校的冷门专业则年年招不满。
专业硕士的入学难度因专业而异，如2004年上海复旦、交大、财大三所高校MBA的录取比例在6：1左右，全国法律硕士录取率则不到10％。专业硕士的学费因专业不同而异，MBA的学费要十几甚至几十万元，而工程硕士的学费一般为3－4万元。专业硕士学位一般不能申请国家助学贷款。
全日制专业型硕士2010年开始招生，但入学难度和学费情况尚不明朗。学术型硕士同时颁发学位和学历证书，而专业硕士大多只授予学位证书。全日制学术型硕士的社会认可度较高，但企业在招聘时会考虑到全日制硕士研究生的理论知识不足。专业硕士的社会认可度逐渐上升，但学历一栏只能填“本科”。全日制专业型硕士由于尚未有毕业生，其认可度有待检验。
专业学位的职业指向性非常明确。学位委员会第十四次会议审议通过的《专业学位设置审批暂行办法》规定，专业学位为具有职业背景的学位，为培养特定职业高层次专门人才而设置。专业学位分为学士、硕士和博士三级，但大多只设置硕士一级。各级专业学位与我国现行各级学位处于同一层次。专业学位的名称表示为“XX(职业领域)硕士(学士、博士)专业学位”。
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