撕去废菌包外的塑料膜，用破碎机将其粉碎成小块。将破碎后的废菌渣堆放在大棚内，并在此过程中喷洒少量水，保持废菌渣温度在75-80°C。接着，用50%的食用菌废料和50%的酶渣混合，形成条堆，用翻抛机搅拌均匀，并加入菌种进行发酵。
废菌包转变成有机肥的步骤如下：
1. 去除废菌包的塑料外层，并用破碎机将其打成小块。将打好的废菌渣堆放在大棚内。在堆放过程中，适量喷水，保持废菌渣的温度在75-80°C。
2. 混合50%的食用菌废料和50%的酶渣，形成条堆，用翻抛机混合均匀，并加入菌种进行发酵。当温度达到65°C时，需进行翻堆，每隔两天翻抛一次，直到温度降至40°C以下，即可腐熟。
通常，食用菌棒培养基在一年后会被废弃，尤其是灵芝等食用菌，它们需要一年的菌丝生长时间和一年的子实体生长时间。这时，菌袋就可以被转化为有机肥，避免了资源的浪费。
当食用菌的菌丝生长到一定阶段，菌棒某些部位会变软，表明该区域的养分已被菌丝大量吸收。如果菌棒在采摘后仍保持一定的硬度，说明培养基中还有未吸收的养分。
废菌包的用途包括：
1. 饲料：废菌包含有5%-10%的粗蛋白，可以粉碎后作为饲料，添加比例为10%-30%。
2. 种植原料：根据食用菌对培养料中碳源的利用方式，废菌包可以用于不同类型的食用菌种植。
3. 肥料：废菌包含有未完全利用的有机质和残留的菌丝体，可以发酵制成堆肥。
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