婴儿便秘是一种常见病症，表现为大便干燥，排便间隔时间较长，有时排便困难。消化不良是婴儿便秘的常见原因之一。例如，食物搭配不合理，如食物中蛋白质含量较多而碳水化合物含量较少，食物在肠道内的发酵过程微弱，大便较为干燥。孩子往往有偏食的习惯，喜欢吃肉类而忽视水果和蔬菜的摄入，这些食物中纤维素的缺乏使得便秘更容易发生。人工喂养的婴幼儿，牛奶中的酪蛋白和钙质比人奶多，类便中含有多种不能溶解的钙皂，这也易导致便秘。
缺乏良好的排便习惯也是婴儿便秘的一个重要原因。儿童自幼应养成定时排便的习惯，通过条件反射的作用定时排便。孩子因为贪玩而忽视便意，时间久了，肠末梢神经对粪便刺激的敏感度下降，粪便在直肠中停留时间过长，水分被大量吸收，变得干燥和硬结，从而难以排出。精神因素同样可以引起婴儿暂时性的便秘，如孩子受到突然的精神刺激或生活环境的改变。
某些疾病也可引起便秘，如肛门狭窄或先天性肌无力等。新生儿便秘的原因主要有：人工喂养导致的皂钙较多，易引起大便干结；乳量不足导致的大便减少或暂时无大便；消化道肌层发育不全引起的便秘，有时伴有吐奶现象。外科性疾病也可能导致新生儿便秘，如肠道闭锁、肠狭窄等，常伴有呕吐和腹胀现象。
正常新生儿的大便性状多样，母乳喂养的婴儿大便为黄色或金黄色，稠度均匀，药膏状，可有小颗粒，有时稍稀薄，绿色。人工喂养的新生儿大便为淡黄色，质地可能较干燥，有明显的臭味，这是因为牛奶中高蛋白难以消化，与钙结合形成皂钙。婴儿（出生未满1岁）的便秘原因包括食物中纤维素的缺乏，可适当添加蔬菜类食物；未养成按时排便的习惯，需每日定时训练排便；精神因素如突然受到精神刺激或生活环境改变。
配方奶粉不耐受也是婴儿便秘的原因之一，配方奶粉中的牛奶蛋白和棕榈油消化不良，导致大便干燥。饮食不足时，摄入的液体吸收余渣少，大便减少变稠。食物成分不当，如食物中蛋白质含量高而碳水化合物不足，大便易呈碱性干燥；反之，碳水化合物多，大便呈酸性且次数多而软。肠功能失常，如生活不规律、缺乏按时排便训练，未形成排便条件反射。
体格生理异常，如肛门裂、肛门狭窄、先天性巨结肠等，也可能引起便秘。精神因素如孩子突然受到精神刺激或生活环境改变，也可引起短期便秘。某些药物如抗胆碱能药物、抗酸剂等，也可能导致便秘。
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