1. 药品抽样问题：在药品抽样检验中，通常要求抽样数量为全检量的三倍，分为三等份，分别用于检验、复核（备用）和留样。然而，在实际工作中，尤其是在乡镇卫生院、医疗诊所和零售药店等基层单位，由于购进药品数量较少，往往无法满足规定的抽样数量要求。例如，在某次检查中，检查人员抽取了24瓶乳酸左氧氟水利星氯化钠注射液，其中20瓶包装为1份，2瓶包装为2份，但由于数量不足，无法进行复核检验，从而导致出具检验报告遇到困难。这些问题主要源于两个原因：一是未能完全按照《药品质量监督抽查检验工作管理暂行规定》执行；二是与追求抽样不合格率和查案率等指标有关。
2. 药品检验标准不统一，索取标准困难：基层药品检查主要依赖药品监督抽样检验，为了避免盲目和无效的抽样，检查人员会尽可能抽取有质量疑问的药品，扩大抽样点和药品品种的覆盖面。然而，抽取的药品中有些不在《中国药典》和成册的国家药品标准之中。药品检验机构在向有关部门或药品生产企业索取检验标准时，往往会遇到困难。统计数据显示，在2008年1月至2010年12月期间，共向药品生产、药品批发企业等单位索取药品检验标准321份，平均每年107份。有些单位会以各种理由拒绝提供药品标准，部分原因是同品种同规格的药品标准内容相似，没有新的提高等级上的差别，且药品标准审批环节存在问题。
3. 药品检验对照品供应不足：药品检验对照品的短缺已经成为制约药品检验全项目检验的瓶颈。2010年，我市药品检验对照品共备有2336种，但由于缺乏对照品，仍有191批次药品未能进行全项目检验，占抽样检品总批次的19%。这主要是因为药品对照品由中检所统一采购、标化和供应，而基层药品监督抽样的随机性较强，难以事先制定抽样品种计划，导致药品检验机构每年对照品的品种和数量难以准确估算和计划采购。
4. 药品检验报告书应规范统一：目前，各地药品检验报告书的书写格式没有规范统一。例如，在书写药品规格时，同一药品品种、规格、包装材料，不同药品生产厂家的描述混乱，使得检验报告的书写难以统一。这种混乱不仅体现在药品规格的表述上，也体现在药品包装的描述上。例如，某制药厂将藿香正气胶囊的规格描述为“每粒装克”，而其他厂家可能有不同的表述方式，这给检验报告的书写带来了困难。
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