摩托车灭失证明在车辆管理所开。如果想要开具灭失证明，需要出示摩托车所有人本人的身份证件，摩托车的合格证书和去当地派出所开具的摩托车丢失情况说明等材料。拿着这些材料，到就近的车辆管理所开具摩托车的灭失证明，拿到灭失证明以后，就快要申请办理摩托车的注销手续了。
灭失证明，就是某物件被盗或丢失的时候的一种说明。如果是受到了火灾导致的摩托车灭失的证明，应该由火灾的事故发生地，县级以上的消防单位开具摩托车因火灾影响到灭失的说明。如果是因出行意外影响导致摩托车灭失的证明，应该由出行意外发生地，县级以上出行管理单位开具摩托车因出行意外影响到灭失的说明。
摩托车灭失销户，具体的流程是：
1、拿着自己的摩托车登记证、摩托车行驶证、摩托车驾驶证，如果摩托车的车牌还在，报失备案以后，写一份情况说明，让派出所出具车辆灭失的证明，带上这个灭失证明和相关的证件，去到车辆管理所，申请销户。
2、可以让居委会或机关写个摩托车灭失证明并盖章。如果派出所不出具证明，其他相关的证件也不在本人身上，身边如果只有身份证件的，拿上自己的身份证去车管所询问相应的解决方案。车辆管理所现在提倡便民服务，说明具体的情况，对方会酌情给申请注销的。
法律依据：
《机动车登记规定》
第三十七条 机动车有下列情形之一的，机动车所有人应当向登记地车辆管理所申请注销登记：
（一）机动车已达到国家强制报废标准的；
（二）机动车未达到国家强制报废标准，机动车所有人自愿报废的；
（三）因自然灾害、失火、交通事故等造成机动车灭失的；
（四）机动车因故不在我国境内使用的；
（五）因质量问题退车的。
属于第一款第四项、第五项规定情形的，机动车所有人申请注销登记前，应当将涉及该车的道路交通安全违法行为和交通事故处理完毕。
属于二手车出口符合第一款第四项规定情形的，二手车出口企业应当在机动车办理海关出口通关手续后二个月内申请注销登记。
第五十二条 机动车登记证书、行驶证灭失、丢失或者损毁的，机动车所有人应当向登记地车辆管理所申请补领、换领。申请时，机动车所有人应当确认申请信息并提交身份证明。
车辆管理所应当审查提交的证明、凭证，收回损毁的登记证书、行驶证，自受理之日起一日内补发、换发登记证书、行驶证。
补领、换领机动车登记证书、行驶证的，原机动车登记证书、行驶证作废，不得继续使用。
第五十三条 机动车所有人发现登记内容有错误的，应当及时要求车辆管理所更正。车辆管理所应当自受理之日起五日内予以确认。确属登记错误的，在机动车登记证书上更正相关内容，换发行驶证。需要改变机动车号牌号码的，应当收回号牌、行驶证，确定新的机动车号牌号码，重新核发号牌、行驶证和检验合格标志。
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